Set Measurements…
ใช้หน้าต่างการตั้งค่านี้สำหรับการบนทึกค่าที่ได้จากคำสั่ง Analyze->Measure...[m], ROI Manager, Analyze->Analyze Particle... ตามส่วนของภาพที่เลือกเอาไว้หรือทั้งภาพ สำหรับภาพแบบ threshold (Image->Adjust->Threshold...[T]) การวัดสามารถกำหนดเป็นส่วน highlighted pixel ที่ต้องการได้ ถ้าเลือกที่ตัวเลือก Thresholdคำสั่งนี้เรียกใช้งานด้วยการคลิกขวาที่ตาราง Results table
หน้าต่างการตั้งค่าประกอบด้วยสองกลุ่ม กลุ่มแรกเป็นการควบคุมชนิดของการวัดสำหรับแสดงที่ Results table กลุ่มที่สองเป็นการควบคุมการตั้งค่าการวัด
18 ตัวเลือกของกลุ่มแรกประกอบด้วย
1. Area พื้นที่ pixel สี่เหลือมหรือหน่วยอื่น ๆ เช่น mm^2 , um^2 เป็นต้น กำหนดค่าได้ที่ Analyze->Set Scale...2. Mean gray value ค่าเฉลี่ยระดับเทาในส่วนที่เลือก แสดงในหน่วย optical density สำหรับภาพแบบ RGB ค่า mean หมายถึงการคำนวณด้วยการแปลงแต่ละ pixel เป็นค่าระดับเทาก่อนโดยใช้สูตร gray=(red+green+blue)/3 หรือ gray=0.299xred+0.587xgreen+0.114xblue ถ้าหากเลือกตัวเลือก Weighted RGB Conversio s ในเมนู Edit->Options->Conversions...
3. Standard deviation ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานของค่าระดับเทา ใช้ในการสร้างค่าเฉลี่ยระดับเทา โดยใช้คอลัมน์ StdDev ในตาราง Results table
4. Modal gray value ความถี่สูงสุดที่แสดงค่าระดับเทาตามพื้นที่ที่เลือกเข้ามา เกี่ยวข้องกับค่าสูงสุดใน histogram ใช้หัวตารางชื่อว่า Mode
5. Min & max gray level ค่าน้อยสุด และค่ามากสุด ของค่าระดับเทาในส่วนที่เลือก
6. Centroid จุดศูนย์กลางของส่วนที่เลือก ด้วยการคำนวณค่าเฉลี่ย x, y จากภาพหรือส่วนที่เลือก แสดงในตาราง Results table ใช้ชื่อว่า X และ Y
7. Center of mss ค่าเฉลี่ย brightness-weighted ของพิกัด x, y ในส่วนที่เลือกหรือทั้งภาพ ใช้ชื่อใน Results table ว่า XM และ YM พิกัดเหล่านี้จะเป็นลำดับแรกๆ ของการส่วนพิจารณาเชิงพื้นที่
8. Perimeter ความยาวของขอบเขตที่เลือก ใช้หัวใน Results table ว่า Perim... ใน IJ 1.44f และ ล่าสุด เป็นส่วน composite selection การคำนวณค่านี้จะแตกต่างไปตามส่วนที่เลือก และการคำนวณนี้จะมีค่าแตกต่างกันไปตามค่าการคำนวณแต่ละอัลกอริทึม
9. Bounding rectangle ค่าสี่เหลื่ยมปิดที่เล็กที่สุด ใช้ชื่อใน Results table ว่า BX, BY, Width และ Height เมื่อ BX และ BY เป็นค่าพิกัดมุมบนซ้าย ของสี่เหลี่ยม
10. Fit ellipse การวิเคราะห์พื้นที่เชิงวงรี ใช้ชื่อใน Results table ว่า Major, Minor และ Angle ค่า Major และ Minor เป็นส่วนแกนเอก และแกโท ของวงรี ค่า Angle เป็นค่ามุมระหว่าง แกนหลัก และ เส้นขนาดตามแนวแกน X พิกัดจุดศูนย์กลางของวงรีจะแสดงใน X, Y ถ้า ตัวเลือก Centroid ได้ถูกเลือกเอาไว้ หมายเหตุ ImageJ จะไม่สามารถคำนวณแกนเอกและแกนโทได้หากกำหนด Pixel Aspect Ratio ในเมนู Analyze->Set Scale... ไม่ใช่ 1.0 และมีหลายวิธีที่สามารถดูค่า fitted ellipse ได้
1. เลือกที่เมนู Edit->Selection->Fit Ellipse แทนค่าพื้นที่ด้วยค่า best fit ellipse
2. ใช้มาโคร DrawEllipse สำหรับค่า major และ minor
3. เลือก Ellipse ให้แสดงจากรายการ drop-down ที่เมนู Analyze->Analyze Particles... โดยจะแสดงแต่ละส่วนในหน้าต่างใหม่
11. Shape descriptors คำนวณและแสดงได้ดังต่อไปนี้
Circularity 4pi x ([Area]/[Perimeter]^2) แสดงใน Results table ชื่อว่า Circ
A spect ratio สัดส่วนของการแสดง fited ellipse เช่น [Major Axis]/[Minor Axis] ถ้า Fit Ellipse เลือกเอาไว้แสดงที่ Major และ Minor และ A spect ratio จะแสดงในหัวข้อ AR
Roundness หาได้จาก 4 x ([Area]/pix[Major axis]^2) หรือเป็น inverse (ส่วนกลับ) ของ ค่า Aspect Ratio ใช้หัวคอลัมน์ใน Results table ว่า Round
Solidity หาได้จาก [Area]/[Convex area] ตั้งค่าเพิ่มเติมได้จากเมนู Edit->Selection->Convex
12. Feret’s diameter ระยะทางที่ยาวที่สุดระหว่างจุดสองจุด ในขอบเขตที่เลือก ใช้ชื่อใน Results table ว่า Feret มุมองศา (0-180) ของหัวข้อนี้จะแสดงว่า FeretAngle เป็นค่าวัดเส้นผ่านศูนย์กลางที่น้อยที่สุดแสดงในชื่อ MinFeret จุดเริ่มต้นแสดงด้วย FeretX และ FeretY
13. Integrated density ผลรวมของค่า pixel ที่เลือก เท่ากับผลคูณของ Area และ Mean Gray Value สำหรับ IJ 1.44c และหลังจากนี้ Raw integrated density (ผลรวม pixel) แสดงหัวคอลัมน์ว่า RawIntDen เมื่อเลือกตัวเลือก Integrated density
14. Median ค่ามัธยฐานของ pixel จากภาพ หรือส่วนที่เลือก
15. Skewness เป็นลำดับที่สามเกี่ยวกับค่ากลางข้อมูล แสดงที่หัวตารางชื่อว่า Skew
16. Kurtosis ลำดับที่สี่เกี่ยวกับค่ากลางข้อมูล ใช้ชื่อหัวคอลัมน์ว่า Kurt
17. Area fraction สำหรับภาพแบบ threshold เป็นเปอร์เซ็นต์ของ pixel ในภาพหรือส่วนที่ถูกเลือกที่เป็นส่วน highlighted ในสีแดง ใช้ Image->Adjust->Threshold...[T] สำหรับภาพที่ non-threshold ค่าเปอร์เซ็นต์จะไม่เป็น 0 แสดงด้วยชื่อ %Area
18. Stack position ตำแน่ง (slice, channel and frame) ในแต่ละ stack หรือ hyper stack ของส่วนที่เลือก ใช้ชื่อว่า Slice , Ch และ Frame
สำหรับส่วนที่ 2 มีรายละเอียดังนี้
1. Limit to threshold ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ สำหรับภาพ threshold image จะถูกรวมเข้าไปกับการวัดค่าด้วย ใช้เมนู Image->Adjust->Threshold…[T] สำหรีบการกำหนดค่าจัดกัดของ threshold (threshold limits) การตั้งค่านี้มีผลต่อภาพ threshold image เท่านั้น2. Display label ถ้าเลือกตัวเลือกนี้จะแสดงชื่อภาพ และชื่อ slice (สำหรับภาพแบบ stack) อยู่ในคอลัมน์แรกของคอลัมน์ เช่น mri-stack.tif:9 หากต้องการเปลี่ยชื่อ แก้ไขได้ที่ (Edit->Selection->Properties...[y]) หรือเลือกการวัด ผ่าน ROI Manager หากเป็นส่วนที่เลือกจะแสดงได้ตามตัวอย่างต่อไปนี้ blobs.gif:0339-0163 หรือ blobs.gif:mySelection
3. Invert Y coordinates ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ จุด XY เดิมจะกลายเป็นจุดมุม ล่าง ซ้าย แทนจุดเดิม บน ซ้าย (ดูเพิ่มเติม Image->Properies...[P])
4. Scientific notation ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ การวัดจะแสดงค่าสัญลักษณ์ทางวิทยาศาสตร์
5. Add to Overlay ถ้าเลือกตัวเลือกนี้จะแสดง ROI อัตโนมัติให้กับภาพผลลัพธ์ สามารถกำหนดค่าเพิ่มเติมได้ที่ Image->Overlay->Overlay Options... / Labels...
6. NaN Empty cells กำหนดค่า NaN สำหรับข้อมูลว่าง
Redirect to ภาพที่ถูกเลือกจาก popup menu จะนำมาใช้เป็นเป้าหมายสำหรับทำสถิติที่คำนวณด้วย Analyze->Measure...[m] และ Analyze->Analyze Particles... จุดเด่นคือการทำโครงร่างกับภาพและวัดค่า intensity ที่เกี่ยวข้องกับพื้นที่อื่น ๆ ของภาพได้
Decimal places จำนวนตัวเลขสำหรับใช้เป็นทศนิยมของตัวเลขที่จะแสดงใน Results table และใน Histogram windows
ภาพประกอบ
ไม่มีความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น