My imageJ: Gels สำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบข้อมูลพื้นที่ของภาพสองส่วนที่เลือก

วันจันทร์ที่ 24 เมษายน พ.ศ. 2560

Gels สำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบข้อมูลพื้นที่ของภาพสองส่วนที่เลือก

Gels

เป็นคำสั่งทีประกอบด้วยเมนูย่อย เพื่อวิเคราะห์ภาพเพียง 1D เป็นคำสั่งที่มีขั้นตอนการสร้างข้อมูลแบบข้อมูลที่แนวทางยาวแล้วหาจุดเด่นที่น่าสนใจ แล้ววัดพื้นที่ของจุดเด่นนั้น โดยใช้ Wand Tool... หมายเหตุ เทคนิคนี้ไม่สามารถใช้เปรียบเทียบข้อมูลที่ต่างชนิดกันได้

เมนูย่อยประกอบด้วย

Select First Lane 1 ใช้สี่เหลี่ยมเป็นตัวเลือก ต้องเลือกเป็นแนวตั้ง โดยมีข้อแม้ว่าความกว้างจะต้องเป็นอย่างน้อยสองเท่าของความสูง

Select Next Lane 2 เลือกช่องที่อยู่ติดกับอันแรก และต้องมีขนาดเท่ากัน

Plot Lanes 3 ปกติสร้างข้อมูลสำหรับการวาดกราฟ โปรแกรม ImageJ จะสร้างกราฟครั้งเดียวต่อการวิเคราะห์ ผลที่ตามมาคือ การเรียกใช้คำสั่งใหม่มากกกว่าหนึ่งครั้ง อาจจะพบข้อความแจ้งเตื่น “You must first use the ‘select First Lane’ command” หากต้องการวาดกราฟใหม่คลิกที่ คำสั่ง Re-plot Lanes

Re-plot Lanes เริ่มสร้างข้อมูลสำหรับวาดใหม่ ถ้าไม่มีการแจ้งข้อความ ‘The data needed to re-plot the lanes is not available’

Reset เริ่มการวิเคราะห์ใหม่

Label Peaks ใช้พื้นที่การวัดรวมกับเครื่องมือ Wand เพื่อเป็นข้อความแสดง lane peaks

Gel Analyser Options… ใช้หน้าต่างนี้เพื่อควบคุมพฤติกรรมของ gel analyzer

……Vertical/Horizontal scale factor กำหนดสัดส่วน (scale) สำหรับเป็นข้อมูลที่จะใช้แสดง

……Uncalibrated OD ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ จะแปลงภาพะดับเทา เป็นค่า uncalibrated อธิบายเพิ่มเติมที่ Analyzer->Calibrate... โปรแกรม ImageJ จะแปลงค่าความสว่าง pixel ด้วยสูตร Unc. OD = log10 (255/pixel value) การแปลงสามารถใช้ได้กับภาพ 8-bit เพราะ gel ใช้ได้กับภาพ 8-bit

Label With Percentages หากเลือกตัวเลือกนี้ จะมี label แสดงใน Results table และใช้เป็นข้อความสำหรับการวาดกราฟ ค่า percentages นี้ปรับข้อมูลด้วยการหารด้วยพื้นที่แต่ละจุดสูงสุดด้วย ผลรวมการวัดจุดสูงสุดจากทุก lanes

Invert Peaks ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ค่าสูงสุดจะตรงข้าม เช่น จุดที่มืดมากกว่าพื้นหลังจะหลายเป็นสุด peak แทน จุดที่สว่างกว่าพื้นหลังจากเป็นจุดสูงสุดที่ติดลบ การตั้งค่านี้ไม่สามารถปรับเปลี่ยนได้ในการวิเคราะห์ (analysis)