ImageJ มีสีที่ใช้หลัก 3 แบบ คือ
1. pseudocolor images
2. RGB images
3. Composite images
1. Pseudocolor Images
หรือ indexed color เป็นภาพ 1 channel ภาพระดับเทา (8, 16, 32 bit) เก็บค่าสีด้วย lookup table หรือ LUT เป็นตารางที่จะจับคู่ภาพระดับเทาเปรียบเทียบกับภาพสีที่มี RGB (red, green, blue) ในลักษณะของเฉดสีเทา (colorized pixels) ดังนั้นสีที่ปรากฎในสีแบบ Pseudocolor Image จะแสดงด้วยค่าความสว่างของภาพมากกว่าจะเป็นค่าสีของภาพ
ภาพ 8 บิต เช่น ภาพ GIFs เป็นตัวอย่างภาพแบบ Pseudocolor Image โดยใช้ LUT ในการเก็บค่าสีของภาพ ภาพจะมีค่าสีจำนวน 256 สี (24 bit จะมี 16.7 ล้านสี) ซึ่งจะทำให้ขนาดไฟล์เล็ก การลดขนาดสีที่เป็นจริงลงเหลือ 256 สีสามารถจัดการด้วยอัลกอริทึมของ quantization ใน ImageJ ใช้ทฤษฏีของ Heckbert's median-cut color quantization algorithm (ดูเพิ่มเติม Image->Type->menu)
2. สีจริงแบบ RGB
ซึ่งเป็นสีที่มีความฉลาด เช่น green ใน RGB นั้นจะมีผลต่อสีเขียวในกลุ่มสีตัวอย่าง ภาพ RGB จะได้จากกล้องแบบ CCD
โครงสร้างสี
โครงสร้างสีอธิบายด้ยเส้นสีจากอุปกรณ์ เพราะมนุษย์มองทุกอ่างเป็นสีซึงแสดงจากสีหลัก 3 สี และมีหลายโมเดลที่อยู่ในกลุ่มนี้คือ RGB, HSB, CIE Lab หรือ YUV
RGB เป็นสีที่ใช้โดยทั่ไปเนื่องจากพวก HSB มีการวิเคราะห์ค่าละเอียดเหมาะกับการประมวลผลภาพมากกว่า ใน HSB ค่า H = ค่าสี, S= ค่าความเข้มสี และ V=
ค่าความสว่าง
3. Color Composite Images
เป็นค่าสีที่สามารถจัดาร channel ของสีได้ และได้ใช้โครงสร้างสีพื้นฐานมาจาก RGB โดยโมเดลสีนี้มีคุณสมบัติดังนี้
1. แต่ละ channel จะอยู่แยกกันและสามารถเลือกใช้งาน หรือ ไม่ใช้งานก็ได้ ได้จากเมนู Image->Color->Channels Tools...
2. แต่ละ Channel เลือกได้เป็น 8 16 หรือ 32 บิต ก็ได้โดยแสดงผลด้วย lookup table
3. มากกว่า 3 channel สามารถรวม (merged) หรือยกช่อง channel ก็ได้
