เครื่องมือ Multi-point Tool with ImageJ

เครื่องมือ Multi-point Tool

เครื่องมือ Multi-point ใช้สำหรับการเลือกจุดหลายจุด มีลักษณะคล้ายกับ เครื่องมือ Point  เมื่อกดปุ่ม Shift ค้างเอาไว้ ค่า Label Points, Auto-Measure, Auto-Next Slice จะถูกยกเลิกการเลือก หากกดพร้อมปุ่ม Alt จะเป็นการลบจุด และสามารถใช้เครื่องมือ Edit->Draw [d] สำหรับการกำหนดตำแหน่งของ เส้นผ่านศูนย์กลาง Mark Width

เครื่องมือ Point Tool with ImageJ

เครื่องมือ Point Tool with ImageJ

เครื่องมือ Point ใช้สำหรับการสร้างจุด สำหรับการนับวัตถุ หรือ บันทึกตำแหน่งของพิกเซล

การใช้งานร่วมกับปุ่ม ได้ดังนี้

Shift         สำหรับการเพิ่มจุด การสร้างจุดเพื่อเลือกหลายจุดพร้อมกัน (ดูเพิ่มเติมได้ที่เครื่องมือ Multi-point) การใช้งานร่วมกับปุ่ม Shift นี้จะแสดงจำนวนจุดบนแถบ Status

Alt                 การใช้งานร่วมกับปุ่มนี้เพื่อลบจุด ปุ่มนี้สามารถใช้พร้อมกันกับการลากช่วงสี่เหลี่ยม หรือ วงกลมได้ เพื่อเลือกลบหลายจุดพร้อมกัน



การดับเบิลคลิกที่ไอคอนเครื่องมือ Point  หรือ Edit->Options->Point Tool... จะแสดงหน้าต่างการตั้งค่าดังภาพ

Mark Width ถ้ามากกว่า 0 (ศูนย์) เส้นการวาดจะมีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางเท่ากับค่าตัวเลขนั้น และใช้สีที่กำหนดเอาไว้ และสีสามารถเลือกใหม่ได้จาก Color picker... [K] การวาดจะมีผลต่อรูปภาพดังนั้นควรจะต้องมีการคัดลอกภาพเอาไว้ก่อน และสีสามารถใช้ร่วมกับโหมดสีแบบ RGB เท่านั้น

Auto-Measure ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ จะเป็นการจดจำค่า ตำแหน่ง (Pixel location) และ ความสว่าง (Pixel intensity) ของ Pixel นั้น โดยค่า Mark Width จะต้องไม่เป็น 0 (ศูนย์) ทุก ๆ ครั้งที่เลือกจุด ก็จะวาดจุดแสดงเอาไว้ ถ้าหากไม่ได้เลือกตัวเลือกนี้เอาไว้สามารถใช้เมนู Edit->Draw [d] ในการวาดจุดในตำแหน่งแต่ละจุดได้ (สามารถกดปุ่ม d สลับกับการจุดได้ แทนการกดปุ่ม Shift)

Auto-Next Slide ถ้าเลือกต้วเลือกนี้ จะอัตโนมัติเลือกจุดเดียวกันในภาพถัดไปของ Stack Slice

Add to ROI Manager ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ จุดจะถูกเพิ่มเข้าไปใน ROI manager... อย่างอัตโนมัติ

Select Color เป็นการระบุสี ซึ่งมีทั้งหมด 9 สีเป็นค่าเริ่มต้น เช่น red, green ,blue, magenta, cyan, yellow, orange, black และ white เป็นต้น โดยสีที่เลือกจะแสดงเด่นในจุดตรงกลางของเครื่องมือ (ไอคอนเครื่องมือ) การเลือกสีสามารถระบุได้จากเมนู Edit->Options->Colors... ก็ได้

เครื่องมือ Angle Tool with ImageJ

Angle Tool



              เป็นเครื่องมือที่อนุญาตให้วัดค่ามุม ด้วยการกำหนดจุด 3 จุด หากดับเบิลคลิกที่ไอคอนเครื่องมือ angle ก็จะสามารถกำหนดค่าเป็นมุม reflex angles (มุมกลับ) เวลาวาดขนาดของมุมจะแสดงบริเวณของ Status bar ขณะทำการวาดสามารถบันทึกค่าของมุมที่วาดด้วยการกดปุ่ม M (Analyze Measure) และจะมีการบันทึกค่าเอาไว้ที่ตาราง Results

หน้าต่างการตั้งค่ามุมกลับ (reflex angles)

ตาราง Result สามารถแสดงข้อมูลมุมที่บันทึกเอาไว้ได้

Line Selection Tools with ImageJ

ใช้เครื่องมือในการเลือกด้วยเส้นตรง มีรูปแบบสำหรับการเลือกอยู่ 4 รูปแบบที่ซ่อนเอาไว้ในเมนูเดียวกัน เปลี่ยนด้วยการคลิกขวาที่เมนูเพื่อเลือกที่เมนูย่อย และเปลี่ยนรูปแบบเส้น

ทำการดับเบิลคลิกที่เครื่องมือเพื่อกำหนดค่าหรือไปที่เมนู Image->Adjust-.Line Width...


1. Straight Line Selection Tool

การวาดด้วยเครื่องมือนี้ขณะที่ทำการวาด จะแสดงความยาว และมุมของการวาดที่ Status Bar โดยมีตัวเลือกขณะการวาดร่วมกับคีย์บอร์ดดังนี้

Shift  =  เป็นการวาดเส้นตรงในแนวเส้นตรงแนวตั้ง และ เส้นตรงแนวนอน

Alt  =   ปรับขนาดเส้นหลังจากวาดแล้ว

Ctrl  =  วาดโดยยึดจุดศูนย์กลางด้วย


2. Segmented Line Selection Tool

วาดด้วยการคลิกสร้างจุดใหม่ไปเรื่อย ๆ และเมือวาดเสร็จสามารถดับเบิลคลิกเพื่อสิ้นสุดการวาด และสามารถวาดร่วมกับปุ่มได้ดังนี้ หลังจากวาดเสร็จสามารถเพิ่มและลดจุดได้ดังนี้

Shift  =  เพิ่มจุด

Alt  =  ลบจุด


3. Freehand Line Selection Tool

เป็นการวาดด้วยมืออย่างอิสระตามความต้องการ


4. Arrow Selection Tool

สามารถวาดโดยคลิกเลือกลูกศร ใช้ร่วมกับปุ่ม Shift สำหรับการวาดเส้น ที่เป็นเส้นตรง หรือทแยงแนว 45 องศา

เครื่องมือการเลือกพื้นที่ with ImageJ

1.  Rectangular Selection Tool
ตำแหน่ง ความกว้าง ความสูง และสัดส่วน จะแสดงที่ Status Bar ขณะที่ทำการวาด

ปุ่มที่ทำงานร่วมกัน
Shift = เลือกเป็นสี่เหลี่ยมจัตุรัส
Alt = ปรับเปลี่ยนขนาดหลังการวาดครั้งละ 1 พิกเซล ใช้ร่วมกลับปุ่มลูกสร
Ctrl = ปรับเปลี่ยนขนาดโดยระบุจุดศูนย์กลางจากตำแหน่งที่เมาส์เลือก

2. Rounded Rectangular Selection
เป็นการวาดคล้ายกับ Rectangle  แต่สามารถปรับแต่งค่าความมนโค้งของรูปสี่เหลี่ยมที่วาดได้ด้วยการดับเบิลคลิกที่ไอคอน ดังรูปด้านล่าง

3. Oval Selection Tool
ตำแหน่ง ความกว้ง ความสูง สัดส่วน จะแสดงที่ Status Bar ในขณะที่วาด และสามารถใช้ร่วมกับปุ่มต่อไปนี้ได้
Shift = ให้วาดเป็นวงกลม
Alt = หลังวาดปรับเปลี่ยนขนาดได้ครั้งละ 1 พิกเซลใช้ร่วมกับปุ่มลูกศร
Ctrl = ระบุจุดศูนย์กลาง

4. Eliptical Selection Tool
เป็นการวาดวงรีและสามารถปรับเปลี่ยนตำแหน่งของวงรีได้

5. Brush Selection Tool
ใช้ร่วมกับการวาดแบบอื่น ๆ หลังจากวาดเสร็จ เช่น วงกลม หรือสี่เหลี่ยม สามารถเอาเครื่องมือในี้ไปวาดบนรูปร่างที่ได้วาดเอาไว้แล้ว ซึ่งสามารถวาดพร้อมกับปุ่มต่อไปนี้
Shift = ต้องการวาดแบบเพิ่มการเลือก
Ctrl = ต้องการวาดแบบลดการเลือก

6. Polygon Selection Tool
การวาดรูปหลายเหลี่ยม สามารถวาดพร้อมกับปุ่ม Shift ได้เพื่อเพิ่มจุดในการวาด ซึ่งจะช่วยควบคุมการวาดได้ดีขึ้น

7. Freehand Selection Tool
เป็นการวาดที่โปรแกรมจะวาดส่วนสุดท้ายให้อัตโนมัติ ในการวาดรูป

การใช้งาน Status Bar และ Progress Bar with ImageJ

Status Bar

ตำแหน่งของ Status Bar นั้นจะสามารถบอกอะไรได้หลาอย่าง ยกตัวอย่างเช่นหากเปิดภาพขึ้นมาแบบธรรมดา เวลาเลื่อนเมาส์ผ่านภาพที่เปิดขึ้นมา ตำแหน่ง Status bar ก็จะแสดงตำแหน่ง x,y และค่าสีด้วย

หรือหากเป็นการประมวลผลอยู่ เช่นหลักคลิกเลือก Filter ให้ทำงานก็จะแสดงเวลาการทำงาน ให้เห็น คำนวนจากหน่วย pixels/second นอกจากนี้ยังสามารถสถานะการใช้หน่วยความจำของเครื่องได้ด้วยการคลิกที่ Status bar

โปรแกรมก็จะแสดง java version, memory in use, memory available และ percent memory used



หากเป็นการใช้เครื่องมือ Selection ก็จะแสดงข้อมูลการเลือก เช่น location, width เป็นต้น

นอกจากนี้การคลิกที่ Status bar ยังเป็นการเรียนกใช้งาน Java garbage collector ด้วย เพื่อให้เรียกคืนหน่วยความจำที่ไม่ได้ใช้วานแล้ว (Edit->Options->Memory & Threads ...)

นอกจากนั้นยังสามารถดูการใช้งานหน่วยความจำได้จาก Plugins->Utilities->Monitor Memory... ก็ได้

Progress bar

ในส่วนของการทำงานของ Progress Bar นั้นจะแสดงรายละเอียดการทำงานของเวลา ประมาณการเวลาในการประมวลผล แต่หากเวลาในกากรประมวลผลน้อยกว่า 1 วินาที ในส่วน Progress bar ก็จะไม่สดงผล

ImageJ User Interface

หน้าจอการทำงานของโปรแกรม ImageJ นั้นไม่เหมือนกับโปรแกรม Image Processing อื่น ๆ เนื่องจากโปรแกรมเป็นลักษรณะของหน้าต่างที่แยกกัน สามารถจัดวางตำแหน่ง ต่าง ๆ ด้ทั่วของจอภาพ และมีชุดคำสั่งบนหน้าต่างเดียวกัน ซึง่ประกอบด้วย ส่วนของเมนู status bar และ progress bar ดังภาพประกบด้านล่าง

1. เครื่องมือการเลือกแบบสี่เหลี่ยม
2. เครื่องมือการเลือกแบบวงรี วงกลม
3. เครื่องมือการเลือกแบบหลายเหลี่ยม
4. เครื่องมือการเลือกแบบเส้นวาดอิสระ
5. เครื่องมือการเลือกแบบเส้นตรง เส้นวาด และลูกศร
6. เครื่องมือมุม
7. จุด และ หลายจุด
8. เครื่องมือการเลือกแบบอัตโนมัติ
9. เครื่องมือข้อความ
10. การขยาย
11. แถบเลื่น
12. สี
13. เมนูเพิ่มเติม
A-H เป็นเมนูแล้วต่เครื่องที่มีการติดตั้งเอาไว้อาจจะมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับการติดตั้ง

Toolbar 

การใช้งานเครื่องมือของ ImageJ มีหลักการที่ต้องรู้จักดังนี้

1. เครื่องมือที่มีูปลูกศรเล็ก ๆ ร่วมอยู่ด้วย แสดงว่ามีเมนูหลายตัวที่ซ่อนอยู่ภายใต้เมนูเดียวกัน สามารถเลือกเมนูอื่น ๆ ด้วยการคลิกขวาที่เมนูนั้น แล้วจะแสดงรายละเอียดของเมนูย่อยที่สามารถเลือกได้แสดงขึ้นมา ดังภาพด้นาล่าง 

2. ทุก ๆ เครื่องมือ สามารถตั้งค่าการใช้งานได้หรือการเรียนกหน้าต่าง Option ขึ้นมาตั้งค่าในการใช้งานเพื่ใอห้เป็นไปตามรูปแบบที่เราต้องการใช้งานมากที่สุด ด้วยการคลิก 2 ครั้งที่เครื่องมือนั้น ดังภาพตัวอย่างด้านล่าง จากตัวอย่งเป็นภาพการตั้งค่าของเครื่องมือ Wand Tool

การรัน ImageJ ด้วย Command Line

"file-name" เปิดไฟล์ยกตัวอย่างเช่น:
        blobs.tif
        /Users/wayne/images/blobs.tif
        e81*.tif

-ijpath เปิด imagej พร้อมระบุที่เก็บ plugins:
        -ijpath /Applications/ImageJ

-port เปิด imageJ พร้อมระบุ instant:
        -port1 (use default port address + 1)
        -port2 (use default port address + 2)
        -port0 (do not check for another instance (OtherInstance)

-macro พร้อมระบุเส้นทางของ macro:
        -macro analyze.ijm
        -macro analyze /Users/wayne/images/stack1

-batch เปิดแบบไม่มีหน้าตาโปรแกรม (GUI)

-eval "macro code"     เปิดพร้อมเรียกใช้ Macro ที่ระบุ
                         -eval "print('Hello, world');"
                         -eval "return getVersion();"

-run รันเฉพาะคำสั่งในโปรแกรม ImageJ
                         -run "About ImageJ..."


-debug รันโปรแกรมใน debug mode.

Plugins with ImageJ

Plugins

Plugins เป็นรูปแบบการใช้งานที่มีประสิทธิภาพมากกว่า Macro และ Script โดยส่วนมากแล้ว plugins จะมีการสร้างชุดของเมนูเอาไว้ที่หน้าต่างหลักของโปรแกรม ImageJ

ข้อดีและข้อด้อยของ Javascript ใน ImageJ เปรียบเทียบความแตกต่างระหว่าง javascript ที่มีให้บริการของ Fiji webpage.

ข้อดี
1. สามารถเข้าถึง ImageJ และ Java APIs
2. มีความเป็นมาตรฐาน
3. ความสามาถของ Richer language

ข้อเสีย
1. ทำงานได้ช้า
2. มีความแตกต่งจาก macro
3. ไม่สามารถใช้งาน ฟังชั่นมากกว่า 360+ ของมาโครได้
3. ต้องความซับซ้อนกว่า ImageJ และ การเขียนโปรแกรมด้วยภาษา Java
4. ไม่สนับสนุนการทำงานแบบ Batch mode
5. ไม่สามารถสร้างเมนูได้ในตัวโปรแกรม ImageJ ได้
6. ไม่สามารถทำงานร่วมกับ Function Finder ในหน้าต่าง macro Editor ได้
7. ไม่มี debugger ซึ่งช่วยในการหาข้อผิดพลาดในการเขียนโปรแกรม

plugins เขียนได้ภาษา Java classes และสามารถใช้ความสามารถอย่างเต็มรูปแบบของภาษาจาวาได้ และสามารถเข้าถึงคำสั่งของ Java API ได้ทั้งหมด และสามารถใช้คำสั่งมาตรฐานและ third-party ของ java API ได้

โดยทั่วไปแล้วมักจะใช้ plugins ในการเขียนคำสั่งเพื่อวิเคราะห์ภาพ หรือ เกี่ยวกับ I/O plugins ในการอ่านและเขียนไฟล์ นอกจากนั้นยังสามารถ rendering graphic หรือ การสร้างส่วนเพิ่มเติมให้กับหน้าตาโปรแกรม ImageJ ได้ด้วย

Plugins ในไดเรกทอรี่ ImageJ/plugins ในโฟลเดอร์นี้จะเป็นแสดงผ่านโปรแกรมได้จากเมนู Plugins->menu ในโฟลเดอร์นี้จะต้องเก็บไฟล์ที่เป็น .jar หรือ .class เท่านั้น

ข้อมูลเกี่ยวกับการพัฒนา ImageJ Plugins

1. Developer Resources Page on the ImageJ website (Help . Dev. Resources. . . ):
http://imagej.nih.gov/ij/developer/index.html
2. Dedicated tutorials on Fiji’s webpage:
http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Developing_Plugins
3. Dedicated tutorials on the ImageJ Documentation Portal:
http://imagejdocu.tudor.lu/
4. Dedicated tutorials on the ImageJDev webpage:
http://developer.imagej.net/ides

Javascript with ImageJ

Java Scripts with ImageJ

จาวาสคริปได้เริ่มนำมาใช้กับ ImageJ ในเวอร์ชั่น 1.41 เพื่อสนับสนุนให้ ImageJ สามารถใช้ API ของ Java ได้อย่างรูปแบบและ ImageJ ได้ใช้ บราวเซอร์ Mozilla Rhino ในการรันคำสั่งร่วมกับจาวา 1.6 สำหรับ Linux และ Windows ในการรัน javascript ผู้ใช้งานเครื่อง Mac และผู้ใช้งานจาวาที่ต่ำกว่านี้สามารถดาวโหลดไฟลื JavaScript.jar เข้าไปเก็บไว้ที่ Folder plugins โดยไฟล์นี้สามารถดาวโหลดได้จากเว็บไซต์อของ ImageJ  (รวมเวอร์ชั่นของ Mac ไว้ด้วย) ในไดเรกทอรี่ ImageJ/plugins/jars

ตัวอย่าง โปรแกรม javascript สามารถหาได้จาก http://imagej.nih.gov/ij/macros/js/ คำสั่งสามารถเปิดได้กับหน้าต่างของ Macro Editor สคริปจะมีนามสกุลของไฟล์เป็น .js และสามารถทำงานได้วยคำสั่ง macros->Run Macro หรือ Macros-.Evaluate Javascript (Ctrol+J) ก็ได้

Javascript Programming

1. The ImageJ web site, with growing documentation:
http://imagej.nih.gov/ij/developer/javascript.html

2. Tutorials on the Fiji webpage:
http://fiji.sc/wiki/index.php/Javascript_Scripting

3. Online scripts repository:
http://imagej.nih.gov/ij/macros/js/

Macro with ImageJ

มาโครเป็นโปรแกรมที่ง่าย และทำงานตามลำดับคำสั่ง สามารถบันทึกการใช้งานด้วยคำสั่งบันทึกของ Macro จาก เมนู Recorder (Plugins->Macros->Record...)

การบันทึก Macro จะบันทึกเป็นไฟล์ .txt หรือ .ijm หลังจากติดตั้งแล้วสามารถเรียกใช้งานได้จากเมนู Plugins->Macros->submenu หรือกำหนดค่าผ่าน Keyboard ก็ได้ นอกจากนี้ทุก ๆ Macro จะบันทึกไว้ที่ไดเรกทอรี่ ImageJ/plugins ด้วยไฟล์นามสกุล .ijm

ในเว็บไซต์ของ ImageJ มีมาโครให้ใช้งานมากกว่า 300 กว่ามาโคร  หากต้องการลองใช้งานสามารถเปิดบราวเซอร์และลากมาโดยตรงที่หน้าต่างหลักของโปรแกรม ImageJ หรือ ตัดลอกไว้ที่ clipboard (Ctrl+A, Ctrl+C) กลับมาที่โปรแกรม ImageJ (IJ) และรันด้วยคำสั่ง File->New->System Clipboard [V] (Ctrl+Shift+V) ในการวางคำสั่งไว้ที่หน้าต่าง macro editor รันมาโครใช้คำสั่ง Macros->Run Macro หรือคำสั่ง Ctrl+R มาโครจำนวนมากจะถูกเก็บไว้สำหรับเรียกใช้งานที่โฟลเดอร์ ภายใต้ folder ImageJ

Macro Programming
ชุมชนในการสร้าง คู่มือของมาโครที่ดีนั้น มีหลายที่สามารถแนะนำได้ดังนี้

1. The ImageJ Macro language --- Programmer's Reference Guide by Jerome Mutterer and Wayne Rasband
http://imagej.nih.gov/ij/docs/macro_reference_guide.pdf

2. The Built-in Macro Functions webpage (Help->Macro Functions... and Macros->Function Finder...[F] ในหน้าต่าง Editor)
http://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html

3. Tutorial on the Fiji webpage
http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Macro_Programming

4. How-tos and tutorials on the ImageJ Documentation Portal
http://imagejdocu.tudor.lu/

Extension with ImageJ

เครื่องมือช่วยสนับสนุนการทำให้ของ ImageJ อีกแบบจะอยู่ในรูปแบบของคำสั่ง และโหลดเข้าไปใน ImageJ เพื่อให้สามารถมีคำสั่งที่ช่วยเหลือในการทำงานมากยิ่งขึ้น ซึ่งบางทีเรียกว่า macros, script หรือ plugin นอกจากนี้ ยังมีบริการทางเว็บของ ImageJ กว่า 300 macros, 500 plugin และ กว่า 20 script โดยเครื่องมือสนับสนุนการทำงานของ ImageJ นั้นสามารถอธิบายคร่าว ๆ ได้ดังนี้

Macros - เป็นวิธีการค่อนข้างง่ายในการเรียกใงาน เป็นการเขียนสคริปคล้ายกับภาษาจาวา (Java) ครั้งโครงสร้างและการเขียนที่คล้ายกัน เมื่อเขียนฟังก์ชันก็สามารถเรียนกใช้ฟังก์ด้วยกันได้ด้วย Macros สามารถบันทึกไฟล์ในแบบ .txt และ .ijm

Plugins - เป็นชุดคำสั่งที่มีประสิทธิภาพ ยืดหยุ่น และเร็วกว่า Macros โดยส่วนมากแล้ว Plugins จะแสดงเป็นเมนูของ ImageJ แต่ยากในการเขียนและการดีบักตรวจสอบความผิดพลาด เขียนด้วยภาษา Java บันทึกไฟล์ในรูปแบบ .java และคอมไพล์เป็น .class

Scripts - ImaeJ ใช้ Mozilla Rhino เป็น interpreter ในการรัน javascript การทำงานคล้ายกับ plugin สคลิปนี้สามารถเข้้าถึงคำสั่ง API ของ ImageJ และ Java ได้แต่ไม่ต้องคอมไพล์ แต่สคลิปมีความยากกกว่า Macros และนำมาใช้น้อยกับ ImageJ

Settings and Preferences with ImageJ

ไฟล์สำหรับเก็บการตั้งค่าของโปรแกรม ImageJ นั้นจะบันทึกไว้ที่ไฟล์ชื่อ IJ_prefs.txt โดยมีตำแหน่งการเก็บไฟล์ไที่

1. Mac OS X = ประมาณ /Library/Preferences
2. Linux และ Windows = ประมาณไดเรกทอรี่ Home

ไฟล์นี้จะเก็บการตั้งค่า macros และ plugins ต่าง ๆ หากต้องการลบค่าการตั้งค่าที่ได้ตั้งค่าเอาไว้ เนื่องจาก ImageJ จะทำการบันทึกการตั้งเองอัตโนมัติ และสามารถเริ่มการทำงานกับค่า Default ได้จากเมนู Edit->Options->Reset

บางครั้งอาจจะทำการสืบทอดจากไฟล์ที่ได้ตั้งค่าเอาไว้ก่อนก็ได้ (Override) ก็ได้ ตัวอย่างการตั้งค่า เช่น
1. ตั้งค่า TIFF tag values ได้ที่เมนู Debug Mode ใน Edit->Options->Misc...
2. ตั้งค่า Bicubic interpolation ได้ที่เมนู Edit->Selection->Straighten...
3. การตั้งชือคอลัมน์ของตาราง Results Table ใน Display Label ใน Analyze->Set Measrements
4. ตั้งค่า Threshold ด้วย Limit to Threshold ใน Analyze->Set Measurements...
5. ตั้งค่าเกี่ยวกับ Binary ที่ Limit to Threshold ใน Analyze->Set Measurements...
6. ตั้งค่า Background color เปนสีดำ และ Foreground color เปนสีขาว ที่ Black back-ground ใน Process->Binary->Options
7. กำหนดขนาดของ ImageJ plots ได้ที่ Edit->Options->Profile Plot Options...
8. เปิด B&C widget ในตำแหน่งที่บันทึกบนหน้าจอล่าสุดได้จาก Image->Adjust->Brightness/Contrast...

และอีกหลาย ๆ ค่าสามารถเลอกทดลองปรับแต่งได้จากเมนูต่าง ๆ หากผิดพลาดในการปรับแต่งค่าก็สามารถทำการ Reset และเริ่มตั้งค่าใหมได้

3D Volumes with ImageJ

ImageJ มีข้อจำกัดของการใช้งานด้าน 3D  และได้แก้ไขปัญหาด้วยความสามารถของ ImageJ2 ซึ่งได้สนับสนุนการใช้งานแบบ 3D ROIs แต่ในเวอร์ชั่นของ ImageJ นั้นก็มี plugin ที่สามารถนำมาใช้งานทดแทนได้บ้าง

ตัวอย่าง plugin ทางด้าน 3D ที่มีใช้งานใน ImageJ

1. 3D Filters การสร้างงาน Filters แบบ 3D สามารถเรียกใช้งานจากเมนู Process->Filters->Gaussian Blur 3D

ภาพก่อน Filter 3D

ภาพหลังทำ Filter 3D

2. 3D Object Counter ซึ่งการทำงานคล้ายกับ 2D แต่ต้องติดตั้ง 3D Roi Manager ให้กับ ImageJ ด้วย

ตัวอย่างการใช้ 3D Object Counter

3. 3D Viewer เป็นการสร้างภาพเสมือน 3D ให้กับ ImageJ เป็นส่วนที่ช่วยให้คำสั่ง Image->Stacks->3D Project สามารถทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ตัวอย่างภาพที่ทำ 3D Project

ตัวอย่าง ImagJ 3D Viewr

ตัวอย่าง Surface Plot

ทั้งหมดนี้เป็นเพียงตัวอย่างการแสดงผล เพราะเครื่องมือ 3D มีให้เลือกใช้สำหรับการวิเคราะห์ภาพที่หลากหลายมากกว่านี้