วันอังคารที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2560

ROI Manager การใช้เครื่องมือ ROI สำหรับการวิเคราะห์ภาพ

ROI Manager…



Region of interest เป็นเครื่องมือที่ทำงานกับการเลือกหลาย ๆ ส่วนพร้อมกัน

Add  เพิ่มส่วนการเลือกปัจจุบันมาเก็บไว้ในรายการ
Update Replace ทำการเลือกรายการ selection ที่มีอยู่แล้วแล้วทำการแก้ไขค่า z/t ใน stacks และ Hyperstacks

Delete ทำการลบ ROI ในรายการออกไป

Rename… เปลี่ยนชื่อรายการเลือกใน ROI

Measure วัด selection ในหน้าต่าง ROI

Deselect ยกเลิการเลือกรายการใน ROI

Properties… ตัวเลือกง่าย ๆดูได้จาก Edit->Selection->Properties...[y]

Plattern [F] เป็นเมนูลัดของ Image->Overlay->Flatten [F}

Show All เป็นการแสดง ROI Manager ทั้งหมดแบบ Overlay ถ้ามีส่วนของ label ตั้งค่าเอาไว้ก็จะแสดงออกมาด้วย ถ้าหากมีการเลือกตัวเลือกนี้เอาไว้ ROIs สามารถเรียกใช้งานซ้ำด้วยการ คลิกพร้อมกับกดปุ่ม  Alt   หรือ Ctrl พร้อมกับคลิก หรือ กดค้างเอาไว้ประมาณ 1/4 วินาที หรือนานกว่านั้น การเรียกใช้ใหม่ (re-activated) ของส่วน selection จะช่วยเรื่องการอัพเดตอัตโนมัติได้

เมื่อหน้าต่าง Show All แสดงขึ้นมาก หน้าต่าง ROI Manager ก็จะถูกปิด  โดยหน้าต่างจะแสดงส่วนของการแจ้งบันทึก ROIs ด้วยการย้ายข้อมูล Overlay (Image->Overlay->From ROI Manager) เมื่อบันทึกเรียบร้อยแล้วในรูปแบบ tiff ส่วนของ Overlay จะถูกบันทึกเอาไว้ในส่วนหวของ tiff และสามารถดึงออกมาใช้ด้วย Image->Overlay->To ROI Manager

Label (เปลี่ยนในเวอร์ชัน IJ 1.46R)  แสดงข้อความด้วย Show All  ปรับแต่งได้จาก More>>Laels... หรือ Image->Overlay->Labels...

More>> (ปรับปรุงในเวอร์ชัน IJ 1.46R) แสดงรายการ drop-down ของคำสั่งที่หลากหลาย ประกอบด้วย

Open… เปิดไฟล์ .roi และเพิ่มมันเข้าเป็นรายการ หรือเปิด ไฟล์ zip  และเพิ่มทุก selection เข้าไปใน list ได้

Save…  บันทึกส่วนของ selection ROI เป็นไฟล์ .roi  ถ้าไม่มี ROI ที่เลือกเอาไว้ จะบันทึกทั้ง ROI ในไฟล์ zip

Fill  เรียกใช้งานได้ที่ Edit->Fill [f]

Draw  เรียกใช้งานได้ที่ Edit->Draw [d]

AND เป็น operator การเชื่อมกันสำหรับ selected ROIs และสร้างเป็น composite selection หากไม่มีการเลือก ROIs ทั้งหมดจะถูกนำมาใช้

OR (Combine) ใช้การรวมกันของ ROIs ในการสร้าง composite selection เปรียบเทียบทั้ง ROIs หากไม่ได้เลือกส่วนที่จะนำมาใช้

XOR ใช้ในการสร้าง composite selection สำหรับส่วนที่เลือกเอาไว้ ใช้ทั้งหมดใน ROIs หากม่ได้เลือก

Split แยก selection ปัจจุบัน (อาจจะเป็น composite selection) ออกเป็นแต่ละส่วน และเพิ่มเข้า ROI Manager

Add Particles  เพิ่มวัตถุที่แบ่งแยก ด้วย particle analyzer เข้าไปที่ ROI Manager และต้องเลือกตัวเลือก Record Starts ใน Analyze->Analyze Particles... สามารถเข้าไปยัง ROI Manager ด้วยการคลิกปุ่ม Add to Manager

Multi Measure  การวัดทั้งหมดใน ROIs ของทุก slices ใน stack สร้าง Results Table แสดง 1 แถว ต่อ 1  slice (ต้องเลือกตัวเลือก One Row Per Slice ด้วย

ภาพ ImageJ User Guide

Sort เรียงลำดับรายการ

Specify… หรือ Edit->Selection->Specify… สร้างพื้นที่ ROIs จากตำแหน่งที่กำหนด

Remove Slice Info ลบข้อมูลเกี่ยวกับชื่อที่อยู่ใน ROI

Help  เพิ่มเติมได้ที่ http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#manager

Labels… หรือ Image->Overlay->Labels… แก้ไขส่วนของ labels เมื่อมีการใช้งาน Show All

List แสดงรายละเอียดตาราง ROIs ประกอบด้วย Index และ   stroke Color

Options.. สำหรับการตั้งค่าการใช้งาน ROI Manager
Associate “Show All” ROIs with slices ถ้าเลือกตัวเลือกนี้จะแสดงภาพรวมของ ROIs หากไม่เลืกจะแสดงใน slice ทั้งหมด

Restore ROIs centered หากเลือกตัวเลือกนี้ ROIs เปิดด้วย More>>Open  อยู่ตรงกลางของภาพ ตัวเลือกนี้จะหลีกเลี่ยงการโหลด ROIs แสดงนอกกรอบเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงขนาดภาพ

Use ROI names as labels ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ROI จะแสดงชื่อจะใช้ label เมื่อ Label ถูกเลือกใช้งานเอาไว้ ถ้าไม่เลือกตัวเลือกนี้เอาไว้ ROI จะใช้ตำแหน่งแสดงเอาไว้ สามารถเปลี่ยนชื่อได้ด้วย Rename หรือ Properties...

ไม่มีความคิดเห็น:

แสดงความคิดเห็น