ROI Manager การใช้เครื่องมือ ROI สำหรับการวิเคราะห์ภาพ

ROI Manager…

Region of interest เป็นเครื่องมือที่ทำงานกับการเลือกหลาย ๆ ส่วนพร้อมกัน

Add  เพิ่มส่วนการเลือกปัจจุบันมาเก็บไว้ในรายการ
Update Replace ทำการเลือกรายการ selection ที่มีอยู่แล้วแล้วทำการแก้ไขค่า z/t ใน stacks และ Hyperstacks

Delete ทำการลบ ROI ในรายการออกไป

Rename… เปลี่ยนชื่อรายการเลือกใน ROI

Measure วัด selection ในหน้าต่าง ROI

Deselect ยกเลิการเลือกรายการใน ROI

Properties… ตัวเลือกง่าย ๆดูได้จาก Edit->Selection->Properties...[y]

Plattern [F] เป็นเมนูลัดของ Image->Overlay->Flatten [F}

Show All เป็นการแสดง ROI Manager ทั้งหมดแบบ Overlay ถ้ามีส่วนของ label ตั้งค่าเอาไว้ก็จะแสดงออกมาด้วย ถ้าหากมีการเลือกตัวเลือกนี้เอาไว้ ROIs สามารถเรียกใช้งานซ้ำด้วยการ คลิกพร้อมกับกดปุ่ม  Alt   หรือ Ctrl พร้อมกับคลิก หรือ กดค้างเอาไว้ประมาณ 1/4 วินาที หรือนานกว่านั้น การเรียกใช้ใหม่ (re-activated) ของส่วน selection จะช่วยเรื่องการอัพเดตอัตโนมัติได้

เมื่อหน้าต่าง Show All แสดงขึ้นมาก หน้าต่าง ROI Manager ก็จะถูกปิด  โดยหน้าต่างจะแสดงส่วนของการแจ้งบันทึก ROIs ด้วยการย้ายข้อมูล Overlay (Image->Overlay->From ROI Manager) เมื่อบันทึกเรียบร้อยแล้วในรูปแบบ tiff ส่วนของ Overlay จะถูกบันทึกเอาไว้ในส่วนหวของ tiff และสามารถดึงออกมาใช้ด้วย Image->Overlay->To ROI Manager

Label (เปลี่ยนในเวอร์ชัน IJ 1.46R)  แสดงข้อความด้วย Show All  ปรับแต่งได้จาก More>>Laels... หรือ Image->Overlay->Labels...

More>> (ปรับปรุงในเวอร์ชัน IJ 1.46R) แสดงรายการ drop-down ของคำสั่งที่หลากหลาย ประกอบด้วย

Open… เปิดไฟล์ .roi และเพิ่มมันเข้าเป็นรายการ หรือเปิด ไฟล์ zip  และเพิ่มทุก selection เข้าไปใน list ได้

Save…  บันทึกส่วนของ selection ROI เป็นไฟล์ .roi  ถ้าไม่มี ROI ที่เลือกเอาไว้ จะบันทึกทั้ง ROI ในไฟล์ zip

Fill  เรียกใช้งานได้ที่ Edit->Fill [f]

Draw  เรียกใช้งานได้ที่ Edit->Draw [d]

AND เป็น operator การเชื่อมกันสำหรับ selected ROIs และสร้างเป็น composite selection หากไม่มีการเลือก ROIs ทั้งหมดจะถูกนำมาใช้

OR (Combine) ใช้การรวมกันของ ROIs ในการสร้าง composite selection เปรียบเทียบทั้ง ROIs หากไม่ได้เลือกส่วนที่จะนำมาใช้

XOR ใช้ในการสร้าง composite selection สำหรับส่วนที่เลือกเอาไว้ ใช้ทั้งหมดใน ROIs หากม่ได้เลือก

Split แยก selection ปัจจุบัน (อาจจะเป็น composite selection) ออกเป็นแต่ละส่วน และเพิ่มเข้า ROI Manager

Add Particles  เพิ่มวัตถุที่แบ่งแยก ด้วย particle analyzer เข้าไปที่ ROI Manager และต้องเลือกตัวเลือก Record Starts ใน Analyze->Analyze Particles... สามารถเข้าไปยัง ROI Manager ด้วยการคลิกปุ่ม Add to Manager

Multi Measure  การวัดทั้งหมดใน ROIs ของทุก slices ใน stack สร้าง Results Table แสดง 1 แถว ต่อ 1  slice (ต้องเลือกตัวเลือก One Row Per Slice ด้วย

ภาพ ImageJ User Guide

Sort เรียงลำดับรายการ

Specify… หรือ Edit->Selection->Specify… สร้างพื้นที่ ROIs จากตำแหน่งที่กำหนด

Remove Slice Info ลบข้อมูลเกี่ยวกับชื่อที่อยู่ใน ROI

Help  เพิ่มเติมได้ที่ http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#manager

Labels… หรือ Image->Overlay->Labels… แก้ไขส่วนของ labels เมื่อมีการใช้งาน Show All

List แสดงรายละเอียดตาราง ROIs ประกอบด้วย Index และ   stroke Color

Options.. สำหรับการตั้งค่าการใช้งาน ROI Manager
Associate “Show All” ROIs with slices ถ้าเลือกตัวเลือกนี้จะแสดงภาพรวมของ ROIs หากไม่เลืกจะแสดงใน slice ทั้งหมด

Restore ROIs centered หากเลือกตัวเลือกนี้ ROIs เปิดด้วย More>>Open  อยู่ตรงกลางของภาพ ตัวเลือกนี้จะหลีกเลี่ยงการโหลด ROIs แสดงนอกกรอบเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงขนาดภาพ

Use ROI names as labels ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ROI จะแสดงชื่อจะใช้ label เมื่อ Label ถูกเลือกใช้งานเอาไว้ ถ้าไม่เลือกตัวเลือกนี้เอาไว้ ROI จะใช้ตำแหน่งแสดงเอาไว้ สามารถเปลี่ยนชื่อได้ด้วย Rename หรือ Properties...

การวิเคราะห์ภาพด้วย Analyze Particles.. กับการแสดงผลหลายแบบ

การแสดงผลการวิเคราะห์ภาพด้วย Analyze Particles

การความสามารถในการวิเคราะห์ภาพแบบเชิงพื้นที่นั้น สามารถแสดงผลการวิเคราะห์ ได้หลายแบบดังนี้


ตัวอย่าง

ภาพวิเคราะห์

ผลการวิเคราะหืแสดงผลได้ดังนี้

Overlay Marks

Overlay

Marks

Ellipses

Outline

Bare Outline

Analyze Particles สำหรับการวิเคราะห์ภาพเชิงพื้นที่

Analyze Particles…

คำสั่งนี้จะนับ และ วัด วัตถุสำหรับภาพขาวดำ หรือภาพที่มี threshold (Image->Adjust->Threshold...[T] หรือ Color Threshold...) การประมวลผลสามารถทำได้ทั้งภาพ หรือ เฉพาะส่วนที่เลือก (Selection)

หลักการทำงานด้วยการหาขอบบนภาพ หรือส่วนที่เลือกเอาไว้ หากส่วนของวัตถุโดยใช้เครื่องมือ Wand Tool วัดค่าโดยใช้ Measure...[m]  เติมค่าให้มองไม่เห็น แล้วเริ่มหาใหม่ จนหมดทั้งส่วนที่เลือก หรือทั้งไฟล์ หากต้องการยกเลิกการประมวลผล กดปุ่ม Esc

Size ส่วนของพื้นที่ที่ต้องการประมวลผล ค่าจะอยู่ช่วง 0-Infinity สำหรับพื้นที่ของภาพประมวลผลเป็นจัตตุรัส แต่หากเลือก Pixel Units ก็จะใช้หน่วยเป็น pixels หากกรอกค่าเป็นตัวเลขเดี่ยวไม่ใช่ช่วง จะใช้ค่าที่กำหนดและต่ำกว่าลงมา

Particle Analyzer (Analyze->Analyze Particles…) เป็นจุดเด่นของภาพที่สามารถส่วนด้วยขนาด (Size) ที่เหมาะสมตามต้องการ และ ช่วงวงกลม (Circularity ranges) หรือ ส่วนที่เป็นพื้นที่ปิด สามารถติดตามด้วยขอบ หรือ ด้วย การเติมค่าพื้นผิวที่ต่อเนื่องกัน (flood filling) (รวม Holes checkbox)

Circularity ส่วนที่กำหนดไว้นอกขอบเขตที่กำหนดที่ไม่สนใจ Circularity (4pi x ([area]/[Perimeter]²)) ดูเพิ่มเติมจากการตั้งค่า Set Measurements...  ช่วงจาก 0 (infinitely elongated polygon) ถึง 1 (perfect circle)

Show  แสดงชุดคำสั่งสำหรับการแสดงผลหลังจากวิเคราะห์เรียบร้อยแล้ว ขนาด สี พื้นหลังของข้อความ สามารถตั้งค่าได้ที่ Image->Overlay->Labels... สำหรับภาพที่ไม่มีส่วนของ Overlay (non-Overlay) สามารถกำหนดค่าได้ด้วยมาโคร (marcro) ด้วยการเรียกคำสั่ง call(‘ij.plugin.filter.ParticleAnalyzer.setFontSize”, size); และ call(“ij.plugin.filter.ParticleAnalyzer.setLineWidth”, width); หรือ ParticleAnalyzer.setFontSize(size); ParticleAnalyzer.setLineWidth(width); ในคำสั่งสคริป หรือ plugin

ภาพ

Nothing ทั้งภาพหรือ Overlay จะแสดงส่วนของการ analyze ถ้าไม่มีผลลัพธ์จะแสดงหน้าต่างว่างออกมา

Outlines สำหรับภาพแบบ 8-bit ประกอบด้วยจำนวนโครงร่างที่วัดได้แต่ละส่วน (ระดับเทา : Outlines:0; Labels:1 Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพผลลัพธ์จะแทนที่ภาพเร่ิมต้น

Bare Outlines ภาพ 8-bit ที่ประกอบด้วยโครงร่างง่าย ๆ จากการวัดที่ไม่ีข้อความกำกับ Label (ระดับเทา: Outlines:0 Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพต้นฉบับจะถูกบันทึกแทนที่ด้วยภาพผลลัพธ์

Masks ภาพ 8-bit ที่ประกอบส่วนของการเติมพื้นโครงร่าง (ระดับเทา: Mask:0; Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพเร่ิมต้นจะถูกแทนที่ด้วยภาพที่ประมวลผลใหม่

Ellipses ภาพ 8-bit ประกอบด้วยวงรีที่เต็มวง (Edit->Selection->Fit Ellipse) แต่ละการวัดนั้น (ระดับเทา: Ellipses: 0; Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพต้นแบบจะถุกแทนที่ด้วยภาพผลลัพธ์

Count Masks  ภาพแบบ 16-bit ประกอบด้วยการเติมพื้นผิวที่โครงร่างด้วยค่าระดับเทา จะเป็นส่วนของตัวเลข  ถ้าเลือก situ ภาพต้นแบบจะถูกแทนที่ด้วยภาพผลลัพธ์

Overlay Outlines แสดงขอบเขตการวัดในส่วนของภาพที่เป็น Overlay ลบ Overlay ก่อนหน้านี้ออก

Overlay Masks แสดงขอบเขตที่มีการเติมค่าพื้นหลังจากการวัดภาพที่เป็น Overlay และลบ Overlay ก่อนหน้านี้ออกไป

Display Results  ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ การวัดแต่ละส่วนจะแสดงในตารางผลลัพธ์ (Results Table)

Clear Results ถ้าเลือกตัวเลือกนี้เอาไว้การวัดค่าก่อนหน้านี้ในรายการ Results Table จะถูกล้างค่าออกทั้งหมด

Summarize   ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ส่วสนของการนับ จำนวนพื้นที่ ขนาดเฉลี่ย และค่าต่างใน Set Measurements... จะแสดงค่าสรุปในตาราง ถ้าเป็นภาพเดี่ยว การสรุปผลจะอยู่ในตารางเดียวกัน ส่วนภาพแบบ stack ส่วนสรุปจะแสดงแยกออกมาตรง title จะมีข้อความว่า Summary of [stack title]  เพิ่มเติมตารางนี้จะปรับปรุงค่าทุกครั้งที่มีการเรียกใช้งานใหม่

Add to Manager  ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ การวัดส่วน จะถูกส่งไปไว้ใน ROI Manager...

Exclude on Edges ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ส่วนที่ติดกับเส้นขอบของภาพ หรือส่วนที่เลือกเอาไว้ จะไม่สนใจในการประมวลผล

Include Holes ถ้าเลือกตัวเลือกนี้  พื้นที่ภายในจะรวมพิจารณาด้วย  หากยกเลิกตัวเลือกนี้จะประมวลผลภายในพื้นที่วงวงกลมที่ว่างด้วย ถ้าเลือกใช้งานจะพิจารณาเส้นขอบ ถ้ายกเลิกจะพิจารณาตามพื้นที่ที่เชื่อหากัน

Record Starts ตัวเลือกนี้จะอนุญาตให้ plugins และ มาโคร เรียกใช้งานซ้ำโดยใช้ฟังก์ชัน doWan(x,y) ได้ ตัวอย่างนี้ จะเป็นตัวอย่างการเรียกใช้งาน

// This macro demonstrates how to erase non-circular objects
requires("1.29n");
run("Blobs (25K)");
setThreshold(125, 248);
run("Set Measurements...", "area perimeter circularity decimal=3");
run("Analyze Particles...", "minimum=1 maximum=999999 bins=20 show=Nothing clear record");
for (i=0; i<nResults; i++) {
    x = getResult('XStart', i);
    y = getResult('YStart', i);
    circularity = getResult('Circ.', i);
    if (circularity<0.85) {
        doWand(x,y);
        run("Clear");
    }
}
run("Select None");

In situ Show ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ภาพต้นฉบับจะถูกแทนที่ด้วยภาพขาวดำที่เลือกจากเมนู drop-down 

Help  ดูเพิ่มเติมจาก http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#ap

ตัวอย่าง

จากภาพ

การเลือกเมนู

การตั้งค่า

หลังจากนั้นกดปุ่ม OK จะได้ผลลัพธ์จำนวน 5 ผลลัพธ์ดังภาพดังนี้

ตาราง Results

ตาราง Summary

ROI Manager

แสดงผลในแบบ Outline

แสดง Label สำหรับวัตถุที่เจอ