Set Measurements สำหรับการตั้งค่าการแสดงผล ตาราง Results

Set Measurements…

ใช้หน้าต่างการตั้งค่านี้สำหรับการบนทึกค่าที่ได้จากคำสั่ง Analyze->Measure...[m], ROI Manager, Analyze->Analyze Particle... ตามส่วนของภาพที่เลือกเอาไว้หรือทั้งภาพ สำหรับภาพแบบ threshold (Image->Adjust->Threshold...[T]) การวัดสามารถกำหนดเป็นส่วน highlighted pixel ที่ต้องการได้ ถ้าเลือกที่ตัวเลือก Threshold

คำสั่งนี้เรียกใช้งานด้วยการคลิกขวาที่ตาราง Results table

หน้าต่างการตั้งค่าประกอบด้วยสองกลุ่ม กลุ่มแรกเป็นการควบคุมชนิดของการวัดสำหรับแสดงที่ Results table กลุ่มที่สองเป็นการควบคุมการตั้งค่าการวัด

18 ตัวเลือกของกลุ่มแรกประกอบด้วย

1. Area พื้นที่ pixel สี่เหลือมหรือหน่วยอื่น ๆ เช่น mm^2 , um^2 เป็นต้น กำหนดค่าได้ที่ Analyze->Set Scale...

2. Mean gray value ค่าเฉลี่ยระดับเทาในส่วนที่เลือก แสดงในหน่วย optical density สำหรับภาพแบบ RGB ค่า mean หมายถึงการคำนวณด้วยการแปลงแต่ละ pixel เป็นค่าระดับเทาก่อนโดยใช้สูตร gray=(red+green+blue)/3 หรือ gray=0.299xred+0.587xgreen+0.114xblue ถ้าหากเลือกตัวเลือก Weighted RGB Conversio s ในเมนู Edit->Options->Conversions...

3. Standard deviation ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานของค่าระดับเทา ใช้ในการสร้างค่าเฉลี่ยระดับเทา โดยใช้คอลัมน์ StdDev ในตาราง Results table

4. Modal gray value ความถี่สูงสุดที่แสดงค่าระดับเทาตามพื้นที่ที่เลือกเข้ามา เกี่ยวข้องกับค่าสูงสุดใน histogram ใช้หัวตารางชื่อว่า Mode

5. Min & max gray level  ค่าน้อยสุด และค่ามากสุด ของค่าระดับเทาในส่วนที่เลือก

6. Centroid จุดศูนย์กลางของส่วนที่เลือก ด้วยการคำนวณค่าเฉลี่ย x, y จากภาพหรือส่วนที่เลือก แสดงในตาราง Results table ใช้ชื่อว่า X และ Y

7. Center of mss ค่าเฉลี่ย brightness-weighted  ของพิกัด x, y ในส่วนที่เลือกหรือทั้งภาพ ใช้ชื่อใน Results table ว่า XM  และ YM พิกัดเหล่านี้จะเป็นลำดับแรกๆ ของการส่วนพิจารณาเชิงพื้นที่

8. Perimeter ความยาวของขอบเขตที่เลือก ใช้หัวใน Results table ว่า Perim... ใน IJ 1.44f และ ล่าสุด เป็นส่วน composite selection การคำนวณค่านี้จะแตกต่างไปตามส่วนที่เลือก และการคำนวณนี้จะมีค่าแตกต่างกันไปตามค่าการคำนวณแต่ละอัลกอริทึม

9. Bounding rectangle ค่าสี่เหลื่ยมปิดที่เล็กที่สุด ใช้ชื่อใน Results table ว่า BX, BY, Width และ Height เมื่อ BX และ BY เป็นค่าพิกัดมุมบนซ้าย ของสี่เหลี่ยม

10. Fit ellipse การวิเคราะห์พื้นที่เชิงวงรี ใช้ชื่อใน Results table ว่า Major, Minor และ Angle  ค่า Major และ Minor เป็นส่วนแกนเอก และแกโท ของวงรี ค่า Angle เป็นค่ามุมระหว่าง แกนหลัก และ เส้นขนาดตามแนวแกน X พิกัดจุดศูนย์กลางของวงรีจะแสดงใน X, Y ถ้า ตัวเลือก Centroid ได้ถูกเลือกเอาไว้  หมายเหตุ ImageJ จะไม่สามารถคำนวณแกนเอกและแกนโทได้หากกำหนด Pixel Aspect Ratio ในเมนู Analyze->Set Scale... ไม่ใช่ 1.0  และมีหลายวิธีที่สามารถดูค่า fitted ellipse ได้

1. เลือกที่เมนู Edit->Selection->Fit Ellipse แทนค่าพื้นที่ด้วยค่า best fit ellipse
2. ใช้มาโคร DrawEllipse สำหรับค่า major และ minor
3. เลือก Ellipse ให้แสดงจากรายการ drop-down ที่เมนู Analyze->Analyze Particles... โดยจะแสดงแต่ละส่วนในหน้าต่างใหม่

11. Shape descriptors  คำนวณและแสดงได้ดังต่อไปนี้
Circularity 4pi x ([Area]/[Perimeter]^2) แสดงใน Results table ชื่อว่า Circ

A spect ratio สัดส่วนของการแสดง fited ellipse เช่น [Major Axis]/[Minor Axis] ถ้า Fit Ellipse เลือกเอาไว้แสดงที่ Major และ Minor และ A spect ratio จะแสดงในหัวข้อ AR

Roundness หาได้จาก 4 x ([Area]/pix[Major axis]^2) หรือเป็น inverse (ส่วนกลับ) ของ ค่า Aspect Ratio ใช้หัวคอลัมน์ใน Results table ว่า Round

Solidity หาได้จาก [Area]/[Convex area] ตั้งค่าเพิ่มเติมได้จากเมนู Edit->Selection->Convex

12. Feret’s diameter ระยะทางที่ยาวที่สุดระหว่างจุดสองจุด ในขอบเขตที่เลือก ใช้ชื่อใน Results table ว่า Feret  มุมองศา (0-180) ของหัวข้อนี้จะแสดงว่า FeretAngle เป็นค่าวัดเส้นผ่านศูนย์กลางที่น้อยที่สุดแสดงในชื่อ MinFeret จุดเริ่มต้นแสดงด้วย FeretX และ FeretY

13. Integrated density  ผลรวมของค่า pixel ที่เลือก เท่ากับผลคูณของ Area และ Mean Gray Value สำหรับ IJ 1.44c และหลังจากนี้ Raw integrated density (ผลรวม pixel) แสดงหัวคอลัมน์ว่า RawIntDen เมื่อเลือกตัวเลือก Integrated density

14. Median ค่ามัธยฐานของ pixel จากภาพ หรือส่วนที่เลือก

15. Skewness เป็นลำดับที่สามเกี่ยวกับค่ากลางข้อมูล แสดงที่หัวตารางชื่อว่า Skew

16. Kurtosis ลำดับที่สี่เกี่ยวกับค่ากลางข้อมูล ใช้ชื่อหัวคอลัมน์ว่า Kurt

17. Area fraction  สำหรับภาพแบบ threshold เป็นเปอร์เซ็นต์ของ pixel ในภาพหรือส่วนที่ถูกเลือกที่เป็นส่วน highlighted ในสีแดง ใช้ Image->Adjust->Threshold...[T] สำหรับภาพที่ non-threshold ค่าเปอร์เซ็นต์จะไม่เป็น 0 แสดงด้วยชื่อ %Area

18. Stack position ตำแน่ง (slice, channel and frame) ในแต่ละ stack หรือ hyper stack ของส่วนที่เลือก ใช้ชื่อว่า Slice , Ch และ Frame

สำหรับส่วนที่ 2 มีรายละเอียดังนี้

1. Limit to threshold ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ สำหรับภาพ threshold image จะถูกรวมเข้าไปกับการวัดค่าด้วย ใช้เมนู Image->Adjust->Threshold…[T] สำหรีบการกำหนดค่าจัดกัดของ threshold (threshold limits) การตั้งค่านี้มีผลต่อภาพ threshold image เท่านั้น
2. Display label ถ้าเลือกตัวเลือกนี้จะแสดงชื่อภาพ และชื่อ slice (สำหรับภาพแบบ stack) อยู่ในคอลัมน์แรกของคอลัมน์ เช่น mri-stack.tif:9  หากต้องการเปลี่ยชื่อ แก้ไขได้ที่ (Edit->Selection->Properties...[y]) หรือเลือกการวัด ผ่าน ROI Manager หากเป็นส่วนที่เลือกจะแสดงได้ตามตัวอย่างต่อไปนี้ blobs.gif:0339-0163 หรือ blobs.gif:mySelection
3. Invert Y coordinates ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ จุด XY เดิมจะกลายเป็นจุดมุม ล่าง ซ้าย  แทนจุดเดิม บน ซ้าย  (ดูเพิ่มเติม Image->Properies...[P])
4. Scientific notation ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ การวัดจะแสดงค่าสัญลักษณ์ทางวิทยาศาสตร์
5. Add to Overlay ถ้าเลือกตัวเลือกนี้จะแสดง ROI อัตโนมัติให้กับภาพผลลัพธ์ สามารถกำหนดค่าเพิ่มเติมได้ที่ Image->Overlay->Overlay Options... / Labels...
6. NaN Empty cells  กำหนดค่า NaN สำหรับข้อมูลว่าง


Redirect to  ภาพที่ถูกเลือกจาก popup menu จะนำมาใช้เป็นเป้าหมายสำหรับทำสถิติที่คำนวณด้วย Analyze->Measure...[m] และ Analyze->Analyze Particles... จุดเด่นคือการทำโครงร่างกับภาพและวัดค่า intensity ที่เกี่ยวข้องกับพื้นที่อื่น ๆ ของภาพได้
Decimal places  จำนวนตัวเลขสำหรับใช้เป็นทศนิยมของตัวเลขที่จะแสดงใน Results table และใน Histogram windows

ภาพประกอบ

Clear Results สำหรับการเริ่มการวัดใหม่

Clear Results

ลบข้อมูลในตาราง Results Table และเร่ิมการวัดใหม่ เรียกใช้งานด้วยการคลิกขวาที่ Results table

ตัวอย่าง

1. ตาราง Results

2. คลิกขวา เพื่อเรียกเมนู คลิกที่ Clear Results

3. หน้าต่างยืนยันการลบค่า

4. หากเลือกบันทึก กด Yes ตั้งชื่อไฟล์ จะได้ไฟล์ แบบ Excel  หากไม่ต้องการก็กด NO

5. ตารางที่ได้หลังจากลบข้อมูลแล้วก็จะเหลือหน้าต่างว่าง ๆ

Distribution ข้อมูลด้วย hitogram สามารถนำผลที่ได้ไปวิเคราะห์ต่อได้

Distribution…

สร้างความสัมพันธ์กันของข้อมูล จาก histogram ด้วยการเลือกคอลัมน์จาก Result Table

ใช้ปุ่ม List หรือ Copy ในการบันทึก histogram  เอาเมาส์ไปวางไว้บนแท่งกราฟเพื่ออ่านค่าจำนวนแต่ละแถบแสดงไว้มุมบนของหน้าต่างแสดงผล  หรือใช้ำอธิบายเพิ่มเติมได้จากเมนู Analyze->Histogram [h]

คำสั่งนี้เรียกใช้งานด้วยการคลิกขวาที่ตาราง Results Table

Parameter  กำหนดค่า Results Table

Data points จำนวนแถวสำหรับวิเคราะห์ (ข้อมูลที่มีความสนใจ)

Automatic binning  ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ImageJ จะเรียกใช้งานการอธิายภาพด้วยวิธีการของ David Scott (Scott DW, Optimal and data-based histograms. Biometrika, 66(3):605-610, Jan 1979) ถ้าไม่ได้เลือกเอาไว้จำนวนต่อชุดข้อมูลกำหนดเป็นช่วง เริ่มต้น (Specify bins) และ ค่าสุดท้าย

ตัวอย่าง
จากภาพตัวอย่าง

นำมาคำนวณเพื่อสร้าง Results Table ในตัวอย่างนี้จะทำการประมวลผลด้วยเมนู Analyze->Analyze->Particles..

จะได้ Results Table ดังนี้

หลังจากนั้นคลิกขวาที่ Results Table และเลือกที่ Distribution

จะได้หน้าต่างการตั้งค่าของ Distribution ดังนี้

หลังจากตั้งค่าเสร็จก็ จะได้หน้าต่าง histogram ตามการตั้งค่าดังนี้

หากกดที่ปุ่ม List สำหรับบันทึกค่า Histogram

เพื่อนำผลการไปวิเคราะห์ต่อไป

Summarize คำสั่งสำหรับสรุปข้อมูลใน Results Table

Summarize

แต่ละคอลัมน์ในตาราง Results Table ประกอบด้วยการคำนวณ และแสดงผลค่า mean, standard deviation, minimum, และค่า maximum คำสั่งนี้เรียกใช้งานโดยการคลิกขวาบน Results Table แล้วเลือก Summarize โปรแกรมก็จะแสดงผลให้

ตัวอย่าง

มีภาพที่ประมวลผลค่าเอาไว้ที่ Results table จำนวน 4 ภาพ

เรียกเมนูใช้งาน

ผลลัพธ์จากการเรียกใช้เมนู

การวิเคราะห์ภาพด้วย Analyze Particles.. กับการแสดงผลหลายแบบ

การแสดงผลการวิเคราะห์ภาพด้วย Analyze Particles

การความสามารถในการวิเคราะห์ภาพแบบเชิงพื้นที่นั้น สามารถแสดงผลการวิเคราะห์ ได้หลายแบบดังนี้


ตัวอย่าง

ภาพวิเคราะห์

ผลการวิเคราะหืแสดงผลได้ดังนี้

Overlay Marks

Overlay

Marks

Ellipses

Outline

Bare Outline

Analyze Particles สำหรับการวิเคราะห์ภาพเชิงพื้นที่

Analyze Particles…

คำสั่งนี้จะนับ และ วัด วัตถุสำหรับภาพขาวดำ หรือภาพที่มี threshold (Image->Adjust->Threshold...[T] หรือ Color Threshold...) การประมวลผลสามารถทำได้ทั้งภาพ หรือ เฉพาะส่วนที่เลือก (Selection)

หลักการทำงานด้วยการหาขอบบนภาพ หรือส่วนที่เลือกเอาไว้ หากส่วนของวัตถุโดยใช้เครื่องมือ Wand Tool วัดค่าโดยใช้ Measure...[m]  เติมค่าให้มองไม่เห็น แล้วเริ่มหาใหม่ จนหมดทั้งส่วนที่เลือก หรือทั้งไฟล์ หากต้องการยกเลิกการประมวลผล กดปุ่ม Esc

Size ส่วนของพื้นที่ที่ต้องการประมวลผล ค่าจะอยู่ช่วง 0-Infinity สำหรับพื้นที่ของภาพประมวลผลเป็นจัตตุรัส แต่หากเลือก Pixel Units ก็จะใช้หน่วยเป็น pixels หากกรอกค่าเป็นตัวเลขเดี่ยวไม่ใช่ช่วง จะใช้ค่าที่กำหนดและต่ำกว่าลงมา

Particle Analyzer (Analyze->Analyze Particles…) เป็นจุดเด่นของภาพที่สามารถส่วนด้วยขนาด (Size) ที่เหมาะสมตามต้องการ และ ช่วงวงกลม (Circularity ranges) หรือ ส่วนที่เป็นพื้นที่ปิด สามารถติดตามด้วยขอบ หรือ ด้วย การเติมค่าพื้นผิวที่ต่อเนื่องกัน (flood filling) (รวม Holes checkbox)

Circularity ส่วนที่กำหนดไว้นอกขอบเขตที่กำหนดที่ไม่สนใจ Circularity (4pi x ([area]/[Perimeter]²)) ดูเพิ่มเติมจากการตั้งค่า Set Measurements...  ช่วงจาก 0 (infinitely elongated polygon) ถึง 1 (perfect circle)

Show  แสดงชุดคำสั่งสำหรับการแสดงผลหลังจากวิเคราะห์เรียบร้อยแล้ว ขนาด สี พื้นหลังของข้อความ สามารถตั้งค่าได้ที่ Image->Overlay->Labels... สำหรับภาพที่ไม่มีส่วนของ Overlay (non-Overlay) สามารถกำหนดค่าได้ด้วยมาโคร (marcro) ด้วยการเรียกคำสั่ง call(‘ij.plugin.filter.ParticleAnalyzer.setFontSize”, size); และ call(“ij.plugin.filter.ParticleAnalyzer.setLineWidth”, width); หรือ ParticleAnalyzer.setFontSize(size); ParticleAnalyzer.setLineWidth(width); ในคำสั่งสคริป หรือ plugin

ภาพ

Nothing ทั้งภาพหรือ Overlay จะแสดงส่วนของการ analyze ถ้าไม่มีผลลัพธ์จะแสดงหน้าต่างว่างออกมา

Outlines สำหรับภาพแบบ 8-bit ประกอบด้วยจำนวนโครงร่างที่วัดได้แต่ละส่วน (ระดับเทา : Outlines:0; Labels:1 Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพผลลัพธ์จะแทนที่ภาพเร่ิมต้น

Bare Outlines ภาพ 8-bit ที่ประกอบด้วยโครงร่างง่าย ๆ จากการวัดที่ไม่ีข้อความกำกับ Label (ระดับเทา: Outlines:0 Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพต้นฉบับจะถูกบันทึกแทนที่ด้วยภาพผลลัพธ์

Masks ภาพ 8-bit ที่ประกอบส่วนของการเติมพื้นโครงร่าง (ระดับเทา: Mask:0; Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพเร่ิมต้นจะถูกแทนที่ด้วยภาพที่ประมวลผลใหม่

Ellipses ภาพ 8-bit ประกอบด้วยวงรีที่เต็มวง (Edit->Selection->Fit Ellipse) แต่ละการวัดนั้น (ระดับเทา: Ellipses: 0; Background:255) ถ้าเลือก situ ภาพต้นแบบจะถุกแทนที่ด้วยภาพผลลัพธ์

Count Masks  ภาพแบบ 16-bit ประกอบด้วยการเติมพื้นผิวที่โครงร่างด้วยค่าระดับเทา จะเป็นส่วนของตัวเลข  ถ้าเลือก situ ภาพต้นแบบจะถูกแทนที่ด้วยภาพผลลัพธ์

Overlay Outlines แสดงขอบเขตการวัดในส่วนของภาพที่เป็น Overlay ลบ Overlay ก่อนหน้านี้ออก

Overlay Masks แสดงขอบเขตที่มีการเติมค่าพื้นหลังจากการวัดภาพที่เป็น Overlay และลบ Overlay ก่อนหน้านี้ออกไป

Display Results  ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ การวัดแต่ละส่วนจะแสดงในตารางผลลัพธ์ (Results Table)

Clear Results ถ้าเลือกตัวเลือกนี้เอาไว้การวัดค่าก่อนหน้านี้ในรายการ Results Table จะถูกล้างค่าออกทั้งหมด

Summarize   ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ส่วสนของการนับ จำนวนพื้นที่ ขนาดเฉลี่ย และค่าต่างใน Set Measurements... จะแสดงค่าสรุปในตาราง ถ้าเป็นภาพเดี่ยว การสรุปผลจะอยู่ในตารางเดียวกัน ส่วนภาพแบบ stack ส่วนสรุปจะแสดงแยกออกมาตรง title จะมีข้อความว่า Summary of [stack title]  เพิ่มเติมตารางนี้จะปรับปรุงค่าทุกครั้งที่มีการเรียกใช้งานใหม่

Add to Manager  ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ การวัดส่วน จะถูกส่งไปไว้ใน ROI Manager...

Exclude on Edges ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ส่วนที่ติดกับเส้นขอบของภาพ หรือส่วนที่เลือกเอาไว้ จะไม่สนใจในการประมวลผล

Include Holes ถ้าเลือกตัวเลือกนี้  พื้นที่ภายในจะรวมพิจารณาด้วย  หากยกเลิกตัวเลือกนี้จะประมวลผลภายในพื้นที่วงวงกลมที่ว่างด้วย ถ้าเลือกใช้งานจะพิจารณาเส้นขอบ ถ้ายกเลิกจะพิจารณาตามพื้นที่ที่เชื่อหากัน

Record Starts ตัวเลือกนี้จะอนุญาตให้ plugins และ มาโคร เรียกใช้งานซ้ำโดยใช้ฟังก์ชัน doWan(x,y) ได้ ตัวอย่างนี้ จะเป็นตัวอย่างการเรียกใช้งาน

// This macro demonstrates how to erase non-circular objects
requires("1.29n");
run("Blobs (25K)");
setThreshold(125, 248);
run("Set Measurements...", "area perimeter circularity decimal=3");
run("Analyze Particles...", "minimum=1 maximum=999999 bins=20 show=Nothing clear record");
for (i=0; i<nResults; i++) {
    x = getResult('XStart', i);
    y = getResult('YStart', i);
    circularity = getResult('Circ.', i);
    if (circularity<0.85) {
        doWand(x,y);
        run("Clear");
    }
}
run("Select None");

In situ Show ถ้าเลือกตัวเลือกนี้ ภาพต้นฉบับจะถูกแทนที่ด้วยภาพขาวดำที่เลือกจากเมนู drop-down 

Help  ดูเพิ่มเติมจาก http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#ap

ตัวอย่าง

จากภาพ

การเลือกเมนู

การตั้งค่า

หลังจากนั้นกดปุ่ม OK จะได้ผลลัพธ์จำนวน 5 ผลลัพธ์ดังภาพดังนี้

ตาราง Results

ตาราง Summary

ROI Manager

แสดงผลในแบบ Outline

แสดง Label สำหรับวัตถุที่เจอ