My imageJ

ImageJ คู่มือ ImageJ สอนการใช้งาน โปรแกรม ImageJ ภาษาไทย ที่ครบถ้วนที่สุด สำหรับต่อยอดเทคนิคการประมวลผลภาพ (Image Processing) ImageJ คืออะไร เป็นโปรแกรมประมวลผลภาพ อย่างไรที่นี้มีคำตอบ หากผิดพลาดประการใด ขออภัย ครับ

วันศุกร์ที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2560

ความหมายของตัวย่อใน คำศัพท์ประมวผลผลภาพในโปรแกรม ImageJ

ขอบคุณข้อมูลจาก ImageJ User Guide
List of Abbreviations and Acronyms
Alt . . . . . . . . . . . Alt, Option or Meta key;
API . . . . . . . . . . . Application Programming
Interface;
ASCII . . . . . . . . American Standard Code for
Information Interchange;
bit . . . . . . . . . . . . Binary digit;
BMP . . . . . . . . . Bitmap Image File (Device
Independent Bitmap, DIB);
bpp . . . . . . . . . . . Bits per pixel;
CCD . . . . . . . . . . Charge-Coupled Device;
CP . . . . . . . . . . . Color Picker;
CSV . . . . . . . . . . Comma-Separated Values;
CT . . . . . . . . . . . Computed Tomography;
Ctrl . . . . . . . . . . . Control key. In this guide also the
Command key in Apple
keyboards;
DICOM . . . . . . . Digital Imaging and
Communications in Medicine;
DPI . . . . . . . . . . . Dots Per Inch;
EDM . . . . . . . . . Euclidian Distance Map;
FAQ . . . . . . . . . . Frequently Asked Questions;
FFT . . . . . . . . . . Fast Fourier Transform;
FHT . . . . . . . . . . Fast Hartley Transform;
FIJI . . . . . . . . . . Fiji Is Just ImageJ;
FITS . . . . . . . . . Flexible Image Transport System;
fps . . . . . . . . . . . . Frames Per Second;
GIF . . . . . . . . . . . Graphics Interchange Format;
GUI . . . . . . . . . . Graphical User Interface;
HDR . . . . . . . . . . High Dynamic Range;
HEX . . . . . . . . . . Hexadecimal;
HIPR . . . . . . . . . Hypermedia Image Processing
Reference;
HSB . . . . . . . . . . Hue Saturation Brightness;
HTML . . . . . . . . HyperText Markup Language;
IDE . . . . . . . . . . . Integrated Development
Environment;
IJ . . . . . . . . . . . . . ImageJ;
ITK . . . . . . . . . . Insight Segmentation and
Registration;
JAR . . . . . . . . . . Java ARchive;
JPEG . . . . . . . . . Joint Photographic Experts
Group;
Knime . . . . . . . . Konstanz Information Miner;
KNIP . . . . . . . . . Knime Image Processing;
LUT . . . . . . . . . . Lookup table;
LZW . . . . . . . . . . Lempel-Ziv-Welch;
MIP . . . . . . . . . . Maximum Intensity Projection;
MJPG . . . . . . . . Motion-JPEG;
NaN . . . . . . . . . . Not a Number;
OME . . . . . . . . . Open Microsopy Environment;
OS . . . . . . . . . . . . Operating System;
p/c . . . . . . . . . . . Pixels per cycle;
PBM . . . . . . . . . Portable BitMap;
PGM . . . . . . . . . Portable GrayMap;
pixel . . . . . . . . . . Picture element;
PNG . . . . . . . . . . Portable Network Graphics;
ppi . . . . . . . . . . . . Pixels per inch;
PPM . . . . . . . . . Portable PixMap;
pt . . . . . . . . . . . . . Point;
RAM . . . . . . . . . Random-Access Memory;
regex . . . . . . . . . Regular expression;
RGB . . . . . . . . . . Red Green Blue;
ROI . . . . . . . . . . Region Of Interest;
Shift . . . . . . . . . . Shift key;
TIFF . . . . . . . . . Tagged Image File Format;
UEPs . . . . . . . . . Ultimate Eroded Points;
URL . . . . . . . . . . Uniform Resource Locator;
voxel . . . . . . . . . . Volumetric pixel;
WYSIWYG . . . What You See Is What You Get;

Keyboard Shortcuts ที่มีใช้งานในโปรแกรม ImageJ

Keyboard Shortcuts

เป็นรายการที่ใช้ในโปรแกรมเวอร์ชัน ImageJ 1.46r built-in shortcuts. ขอขอบคุณข้อมูลจาก ImageJ User Guide คำสั่งประกอบไปด้วย

File .
New . Image. . . [n] N Create new image or stack
New .Text Window [N] Shift N Create new text window
New . System Clipboard [V] Shift V Create image from system clipboard
Open. . . [o] O Open file (any format recognized by ImageJ)
Open Next [O] Shift O Open next image in folder
Open Samples . Blobs (25K) Shift B Opens the Blobs.gif example image
Close [w] W Close the active window
Save [s] S Save active image in Tiff format
Revert [r] R Revert to saved version of image
Print. . . [p] P Print active image

Edit .
Undo [z] Z Undo last operation
Cut [x] X Copy selection to internal clipboard and clear
Copy [c] C Copy selection to internal clipboard
Paste [v] V Paste contents of internal clipboard
Clear Backspace Erase selection to background color
Fill [f] F Fill selection in foreground color
Draw [d] D Draw selection
Invert [I] Shift I Invert image or selection
Selection . Select All [a] A Select entire image
Selection . Select None [A] Shift A Remove selection
Selection . Restore Selection [E] Shift E Restore previous selection
Selection . Properties. . . [y] Y Defines selection properties
Selection . Add to Manager [t] T Add selection to ROI Manager

Image .
Adjust . Brightness/Contrast. . . [C] Shift C Adjust brightness and contrast
Adjust . Threshold. . . [T] Shift T Adjust threshold levels
Show Info. . . [i] I Display information about active image
Properties. . . [P] Shift P Display image properties

Key Modifiers

เป็นรายการที่ใช้ในโปรแกรมเวอร์ชัน ImageJ 1.46r built-in shortcuts. ขอขอบคุณข้อมูลจาก ImageJ User Guide คำสั่งประกอบไปด้วย

Color . Color Picker. . . [K] Shift K Open Color Picker

Stacks . Next Slice [>] > or ! Go to next stack slice
Stacks . Previous Slice [<] < or Go to previous stack slice
Stacks . Reslice. . . [/] / Reslice stack
Stacks . Orthogonal Views [H] Shift H Toggle orthogonal view display
Stacks .Tools . Start Animation [\] \ Start/stop stack animation

Hyperstacks . Channels Tool. . . [Z] Shift Z Open the ‘Channels’ tool
Hyperstacks > or ! Next hyperstack channel
Hyperstacks < or Previous hyperstack channel
Hyperstacks Ctrl > Next hyperstack slice
Hyperstacks Ctrl < Previous hyperstack slice
Hyperstacks Alt > Next hyperstack frame
Hyperstacks Alt < Previous hyperstack frame

Crop [X] Shift X Crop active image or selection

Duplicate. . . [D] Shift D Duplicate active image or selection

Scale. . . [E] E Scale image or selection

Zoom . In [+] + or " Make image larger
Zoom . Out [-] 􀀀 or # Make image smaller
Zoom . Original Scale [4] 4 Revert to original zoom level
Zoom . View 100% [5] 5 Zoom to 1:1

Overlay . Add Selection. . . [b] B Adds active selection to image overlay

Process .
Smooth [S] Shift S 33 unweighted smoothing
Repeat Command [R] Shift R Repeat previous command

Analyze .
Measure. . . [m] M Display statistics of active image / selection
Histogram [h] H Display histogram of active image / selection
Plot Profile [k] K Display density profile plot of active selection
Gels . Select First Lane 1 Select first gel lane
Gels . Select Next Lane 2 Select next gel lane

Plugins .
Utilities . Control Panel. . . [U] Shift U Open Control Panel
Utilities . Capture Screen [g] Shift G Grab screenshot (with Ctrl if a dialog box is active)
Utilities . Find Commands. . . [l] L List, find and launch commands

Window.
Show All [ ] ] ] Make all windows visible
Put Behind [tab] Tab Switch to next image window
Main ImageJ window Enter Bring ImageJ window to front

Key Modifiers

ใช้ร่วมกับ Alt Key Modifications

File . Open Next [O] Open previous
File . Revert [r] Skip dialog prompt

Edit . Copy [c] Copy to system clipboard

Image . Color . Split Channels Keep original image
Image . Stacks . Add Slice Insert before current slice
Image . Stacks . Next Slice [>] Skip ten slices
Image . Stacks . Previous Slice [<] Skip ten slices
Image . Stacks . Start Animation [\] Show options dialog
Image . Duplicate. . . [D] Skip dialog prompt
Image . Overlay . Add Selection. . . [b] Show options dialog

Process . Enhance Contrast. . . Do classic histogram equalization

Analyze . Histogram [h] Show dialog prompt
Analyze . Plot Profile [k] For rectangular selections, generate row average plot. For wide straight lines,display rotated contents
Analyze . Gels . Select First Lane Assumes lanes are horizontal
Analyze .Tools . Analyze Line Graph Show intermediate image
Analyze .Tools . ROI Manager (Add) Name and add selection

Plugins . Utilities . ImageJ Properties. . . List all Java properties

ใช้ร่วมกับ Shift Key Modifications

Image .Adjust . Threshold. . . [T] Adjusting Min also adjusts Max
Image .Adjust . Brightness/Contrast. . . [C] Apply adjustments to all channels of a composite image
Installed Macros and Scripts Open instead of run

Rectangular Selection Tool and Oval Selection Tool Forces 1:1 aspect ratio
Area Selection Tools Add selection to previous one
Polygon Selection Tool Shift-clicking on a node duplicates it
Straight Line Selection Tool Forces line to be horizontal or vertical
Segmented Line Selection Tool Shift-clicking on a node duplicates it
Point Tool Shift-clicking adds points (Multi-point Tool behavior)
Magnifying Glass Shift-clicking and dragging runs Image . Zoom .To Selection
See also: Manipulating ROIs, Tools
168 Last updated: 2012/10/02

ใช้ร่วมกับ Ctrl (or Cmd) Key Modifications

Rectangular Selection Tool and Oval Selection Tool Selection is resized around its center
Straight Line Selection Tool Line is rotated/resized around its center
See also: Manipulating ROIs, Tools

ใช้ร่วมกับ Space Bar

Any Tool Switch to the Scrolling Tool

ใช้ร่วมกับ Arrow Keys

Moving Selections The four arrow keys move selection outlines one pixel at a time
Resizing Selections Rectangular and oval selections are resized by holding Alt while using the arrow keys
Stacks Navigation The and ! keys substitute for < and > for moving through a stack. If
there is a selection, you must also hold Shift
Hyperstacks Navigation The and ! keys change the channel. Hold Ctrl to move through the slices and Alt to move through the frames
Zooming The " and # keys zoom the image in and out. If there is a selection, you must also hold either Shift or Ctrl

About ImageJ รายละเอียดเกี่ยวกับโปรแกรม ImageJ

About ImageJ…

เปิดรายละเอียดเกี่ยวกับโปรแกรม ImageJ ประกอบด้วย version, the author, the website, java version, memory available หมายเหตุ ตรวจสอบที่สถานะของโปรแกรมก็เป็นอีกทางที่สามารถดูรายละเอียดได้เร็วขึ้น

ตัวอย่าง

เรียกเมนู

ผลลัพธ์

เมนู Help->JAR Plugin เป็นอีกเมนูที่แสดงข้อมูลใน Folder plugins

JAR Plugin

Author:
Wayne Rasband (wsr at nih dot gov)
History:
2003/11/28: First version
2003/12/02: Displays an Edit>Options> dialog box
2003/12/16: Adds Plugins/JAR Demo submenu with four commands
Requires:
ImageJ 1.31s or later, which adds the ability to package plugins in JAR files
Source:
Contained in jar_demo.jar, which can be opened using a ZIP utility
Installation:
Download jar_demo.jar to the plugins folder, or subfolder, restart ImageJ, and there should be 11 new commands that run this plugin.
Description:
This plugin demonstrates how plugins can be packaged in JAR files and installed in multiple menus. The JAR file must have an underscore in its name and contain a file named "plugins.config". This is what "plugins.config" in the JAR file containing this plugin ("jar_demo.jar") looks like:

# Name: JAR_Plugin
# Author: Wayne Rasband
# Version: 1.2
# Date: 2003/12/15
# Requires: ImageJ 1.31s
# Generate the jar file using: "jar cvfM jar_demo.jar *"
File>Import, "JAR Demo (Import 1)...", JAR_Plugin("import1")
File>Import, "JAR Demo (Import 2)...", JAR_Plugin("import2")
File>Save As, "JAR Demo (Save As)...", JAR_Plugin("save")
Edit>Options, "JAR Demo...", JAR_Plugin("options1")
Analyze>Tools, "JAR Demo (Tools)...", JAR_Plugin("tools")
Plugins>JAR Demo, "Run JAR Demo...", JAR_Plugin("run")
Plugins>JAR Demo, "JAR Demo Options...", JAR_Plugin("options2")
Plugins>JAR Demo, "About JAR Demo...", JAR_Plugin("about1")
Plugins>JAR Demo, "Uninstall JAR Demo...", JAR_Plugin("uninstall")
Plugins, "JAR Demo (Plugins)...", JAR_Plugin("plugins")
Help>About Plugins, "JAR_Plugin...", JAR_Plugin("about2")

Lines starting with '#" are comments that may be used by a future Plugin Manager. Each line in the form

Menu>Submenu, "Command", Plugin

creates an ImageJ menu command. There are three parts, separated by commas. The first specifies the menu where the command will be installed, the second is the command name, and the third is the plugin. As an example, the line

File>Save As, "JAR Demo (Save As)...", JAR_Plugin("save")

installs the command "JAR Demo (Save As)..." in the File>Save As menu. When the user selects this command ImageJ runs the plugin JAR_Plugin.class, passing it the argument "save".

Plugins can be installed in the File>Import, File>Save As, Edit>Options, Analyze>Tools, Help>About Plugins and Plugins menu and submenus. If Plugins>Submenu is specified, the command will installed in the submenu of the Plugins manu named Submenu. If this submenu does not exist, it is created. If Plugins is specified, the command will be installed in the submenu of the Plugins menu that corresponds to the directory containing the JAR file. For example, if the JAR file is in ImageJ/plugins/jars, the command will be installed in Plugins>jars.

JAR files are basically the same as ZIP files. They are created using the command line jar utility or a ZIP utility such WinZip. The jar utility is included with Sun's free Java SDK (aka JDK). It is pre-installed on Mac OS X.

On Mac OS X, use the pre-installed jar utility to create a JAR file:
1 Open a Terminal window
2 Type "cd "
3 Drag and drop the folder containing the plugin(s) and plugins.config file to the Terminal window and press return
4 Type "jar cvfM Name_of_Package.jar *"
On Windows, use the jar utility included with the Java Software Development Kit (SDK) from Sun:
1 Open a command line window
2 Change (cd) to the directory containing the plugin(s) and plugins.config file
3 Type "C:\jdk1.5.0\bin\jar cvf Name_of_Package.jar *" (assumes the SDK is installed in C:\jdk1.5.0)

See Also:
The PluginClassLoader Demo plugin demonstrates how files required for plugins (images, config files, etc) can be packaged in a jar file.

เมื่อทำการดาวโหลด java_demo.jar แล้วเก็บไว้ใน .../imagej/plugins/ ก็จะได้ปิดและเปิดโปรแกรมใหม่ก็จะได้เมนูที่เปลี่ยนแปลงไปดังนี้

File>Import, "JAR Demo (Import 1)...", JAR_Plugin("import1")
File>Import, "JAR Demo (Import 2)...", JAR_Plugin("import2")

File>Save As, "JAR Demo (Save As)...", JAR_Plugin("save")

Edit>Options, "JAR Demo...", JAR_Plugin("options1")

Analyze>Tools, "JAR Demo (Tools)...", JAR_Plugin("tools")

Plugins>JAR Demo, "Run JAR Demo...", JAR_Plugin("run")
Plugins>JAR Demo, "JAR Demo Options...", JAR_Plugin("options2")
Plugins>JAR Demo, "About JAR Demo...", JAR_Plugin("about1")
Plugins>JAR Demo, "Uninstall JAR Demo...", JAR_Plugin("uninstall")

Plugins, "JAR Demo (Plugins)...", JAR_Plugin("plugins")

Help>About Plugins, "JAR_Plugin...", JAR_Plugin("about2")

แสดงรายละเอียดเกี่ยวกับ plugins ในโปรแกรม ImageJ

About Plugins

เป็นเมนูย่อยในการแสดงรายละเอียดเกี่ยวกับ plugins ในโปรแกรม ImageJ ที่อยู่ใน plugins folder และปลั๊กอินต้องอยู่ในแพ็กเก็ต JAR ตัวอย่างแสดงได้ดังนี้
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/jar-demo.html

ตัวอย่าง

ใช้สำหรับการอัพเดตเมนูหลังจาก เพิ่ม หรือ ลบ plugins , macros ไปที่ plugins folder

Refresh Menus

ใช้สำหรับการอัพเดตเมนูหลังจาก เพิ่ม หรือ ลบ plugins , macros ไปที่ plugins folder ในเวอร์ชั่นก่อน ImageJ 1.44b จะใช้ชื่อเมนูว่า ‘Update Menus’

ตัวอย่าง

เรียกใช้งานโปรแกรม

ผลลัพธ์
เมนูจะถูกรีเฟรชใหม่ และ รอรับคำสั่งต่อไป

อัพเดตโปรแกรม ImageJ ให้ ij.jar เป็นเวอร์ชั่นล่าสุด

Update ImageJ…

อัพเดตโปรแกรม ImageJ ให้ ij.jar เป็นเวอร์ชั่นล่าสุดได้ที่ https://imagej.nih.gov/ij/upgrade/ หรือดาวน์โหลดเวอร์ชั่นที่ตำกว่า ได้ที่ https://imagej.nih.gov/ij/download/jars/ หรือเลือกอัพเดตตามช่วงเวลาล่าสุดได้ที่ https://imagej.nih.gov/ij/ij.jar

ตัวอย่าง

เรียกเมนู

เปิด ImageJ Interest Group page จาก NIH LISTSERV เราสามารถค้นหา mailing list ที่ถูกเก็บเอาไว้ และเข้าร่วม หรือออกจาก list ก็ได้

ตัวอย่าง

เลือกเมนู

ผลลัพธ์

ติดตามการ Installation กับโปรแกรม ImageJ

Installation…

เปิดส่วน Installation section ของเว็บไซต์ ImageJ แยกตามแต่ละระบบปฏิบัติการ เช่น Linux, Mac OS 9 , Mac OS X หรือ Windows จะประกอบด้วยคำแนะนำและวิธีการแก้ปัญหาต่าง ๆ

ตัวอย่าง

1. เปิดหน้าต่าง

2. ผลลัพธ์

เปิดส่วน Documentation section ของ เว็บไซต์ ImageJ

Documentation…

เปิดส่วน Documentation section ของ เว็บไซต์ ImageJ

ตัวอย่าง

ผลลัพธ์

เมนู ImageJ News... เปิดเว็บไซต์ข่าวสารของโปรแกรม ImageJ

ImageJ News…

เปิดส่วน News section ของ เว็บไซต์ ImageJ

ตัวอย่าง

เลือกเมนู

ผลลัพธ์

เมนู Help สำหรับเปิดเว็บไซต์ (website) ImageJ

Help

ลำดับภาพที่ active จะเปลี่ยนไปเรื่อยๆ

เรียกหน้าต่างโปรแกรม ImageJ ขึ้นมาใช้งาน

Mian Window [enter]

เมื่อหน้าต่างโปรแกรม ImageJ ถูกซ่อนอยู่ด้านหลังเวลาใช้งานสามารถเรียกด้วยการกดปุ่ม enter เพื่อเรียกหน้าต่างเครื่องมือหลักขึ้นมาใช้งานได้

ตัวอย่าง

กดปุ่ม enter

แสดง หน้าต่าง แบบ Show All

Window

ประกอบด้วยคำสั่งการจัดการวินโดว์ที่เปิดอยู่

Show All [ ] ]

แสดงหน้าต่างทั้งหมด

ตัวอย่าง

1. จากการเรียงหน้าต่าง

2. เลือกเมนู

3. ผลการจัดเรียง

วันพฤหัสบดีที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2560

Compile and Run เป็นคำสั่งสำหรับการรันคำสั่ง java

Compile and Run…
Run plugin หากไฟล์ที่เลือกเป็น *.class และต้องใช้ Java Virtual Machine ในการรันคำสั่ง และโปรแกรม ImageJ ชื่อว่า Tools.jar สำหรับไฟล์นี้มีประกอบด้วยเวอร์ชัน windows, Linux ที่มาพร้อมกันกับ Java และสำหรับ Mac OS X จะต้องติดตั้งก่อน

ใช้เมนู Edit->Options->Complier... สำหรับตั้งค่าการทำงานของ javac complier ในเวอร์ชัน ImageJ 1.44c เป็นต้นมา Complie and Run... มีปลั๊กอิน Bio-Formats (loci_tools.jar) เพิ่มเข้าไปที่ Java complier’s class path

ตัวอย่าง

1. เรียกเมนู

2. เลือกไฟล์ เช่น .class

หากยังไม่มีตัว Compiler.jar โปรแกรมก็จะทำการโหลดตังตัวอย่าง

การสร้าง Table ในโปรแกรม ImageJ

Table…

เปิดตารางว่าง ๆ คล้าย ๆ Results Table ยกตัวอย่าง
https://imagej.nih.gov/ij/macros/SineCosineTable2.txt

// Sine Cosine Table
//
// This macro displays a sine/cosine table in a TextWindow.
requires("1.41g");
title1 = "Sine/Cosine Table";
title2 = "["+title1+"]";
f = title2;
if (isOpen(title1))
print(f, "\\Clear");
else
run("Table...", "name="+title2+" width=250 height=600");
print(f, "\\Headings:n\tSine\tCosine");
for (n=0; n<=2*PI; n += 0.1)
print(f, n + "\t" + sin(n) + "\t" + cos(n));

ตัวอย่าง

1. เปิดเมนู

2. การตั้งค่า

3. หน้าต่างการทำงาน