ซอฟต์แวร์ที่เกี่ยวข้องกับ ImageJ ที่มีความสำคัญแยกออกเป็น 2 ประเภทดังนี้
ซอฟร์แวร์ที่สร้างมาพร้อมกับ ImageJ
ประกอบด้วย
1. Bio7 เป็นการรวมเอาสภาพแวดล้อมการพัฒนาที่ได้เน้นจุดเน้นไปที่พื้นที่การออกแบบที่แตกต่างและเป็นโมเดลที่ชัดเจน จุดเด่น ๆ ของ Bio7 การวิเคราะห์ทางสถิติ (ใช้ R) สถิติเกี่ยวกับระยะทาง การเชื่อมโยงที่รวดเร็วระหว่าง R และ Java สนับสนุนการใช้งาน BeanShell และ Groovy การวิเคราะห์ที่มีความ sensitivity รวมการทำงานกับตัวแก้ไข flowchart และสามารถสร้าง 3D OpenGL (Jogl) สามารถดูเพิ่มเติมได้ที่ RImageJ ในหัวข้อ ImageJ Interoperability
2. BoneJ เป็นการรวมเอาเครื่องมือสำหรับวิเคราะห์แสง (small beam) และการวิเคราะห์รูปร่างกระดูก
uManager หรือ Micro-Manager เป็นซอฟต์แวร์แพ็คเก็คสำหรับควบคุมการวิเคราะห์แบบ microscopes แบบอัตโนมัติ ทำให้สามารถคำนวณรูปแบบพื้นที่อย่างง่าย ๆ ได้ เช่น time-lapses การคำนวณแบบ multi-channel การคำนวณ z-stacks และการเปรียบเทียบ Micro-Manager สามารถทำงานกับภาพแบบ microscopes เช่น scientific-grade camera และการกระจายจำนวนมากของข้อมูลใน microscope
3. MRI-CIA พัฒนาโดย Montpellier RIO Imaging facility (CNRS) สร้างเฟรมเวิกการวิเคราะห์ภาพ และมีตัวเสมือนของ interface ของ ImageJ's capabilities ซึ่งสามารถสร้างการประมวลผลได้ดีแอพพลิเคชั่นประกอบด้วยหัวข้อ การเปรียบเทียบ DNA, การประมวลผลภาพด้วยการค้นหาโปรตีนในเซลล์ การเปรียบเทียบความสว่างระหว่าง nuclei และ cytoplasm, การนับ nuclei บน channels ที่มีความแตกต่างกัน
4. ObjectJ เป็นการพัฒนาต่อยอดของ object-image สนับสนุนการทำงานแบบ graphical vector โดยผ่านการคำนวณแบบ manually หรือ cacro commands ด้วย ส่วนภาพที่มีสีที่มีความแตกต่างกันนั้นสามารถใช้สีห่อหุ้มก่อนการคำนวณได้หรือพูดง่ายๆ ก็คือสามารถปรับเปลี่ยนสีก่อนการคำนวณได้ผลลัพธ์สามารถจัดเรียงรหัสสี คุณภาพของสีด้วยการประมวลผลด้วย macro ได้
5. SalsaJ เป็นรูปแบบของนักเรียน นักศึกษา ที่มีความสนใจใช้ไลบรารี่เกี่ยวกับการประมวลผลภาพ ออกแบบมาใช้งานสำหรับ โครงการ EU-HOU เพื่อใช้สำหรับการศึกษาของดาราศาสตร์ในห้องเรียน SalsaJ ได้มีการแปลงให้อยู่ในรูปแบบของภาษาที่หลากหลาย เช่น English, French, Spanish, Italian, Polish, Greek, Portuguese, Swedish, Northern Sami, Arabic, Chinese
TrakEM2 เป็นโปรแกรมสำหรับ morphological data mining การประมวลผลแบบ 3D และ image stitching, registration, การแก้ไขและ anotation นอกจากนี้ยังมีการขยายไปกับ Fiji และ มีความสามารถดังนี้
3D modeling เป็นวัตถุ 3D ออกแบบด้วยลำดับภาพของโครงร่าง และโปรไฟล์ของรูปภาพ จาก สีผิว หรือ mesh สามารถสร้างเป็น 3D เสมือนได้
Relational modeling เป็นการอธิบายแผนที่ระหว่างวัตถุและลิงค์ สำหรับตัวอย่าง เช่น เซลล์ประสาทที่มีการเชื่อมต่อกันจำนวนมาก กับ synapses เป็นต้น
ซอฟต์แวร์อื่น ๆ กับ ImageJ
มีแพ็คเก็ตที่หลากหลายเกี่ยวกับ ImageJ ที่มีความน่าสนใจ ไม่ว่าจะเป็น แอพพลิเคชั่น หรือ สภาพแวดล้อมในการทำงาน
Bitplane Imaris ImarisXT สามารถโหลดและประมวลผล ImageJ plugins สามารถประมวลผลร่วมกันได้ระหว่าง Imaris และ ImageJ
CellProfiler มีจุดเด่นที่ช่วยให้ ImageJ ทำงานได้บน CellProfiler pipeline
Icy เป็นไลบรารี่ของชุมโอเพ่นซอส เกี่ยวกับ bio-imageing และสามารถใช้งาน plugin ร่วมด้วยรับประกันแน่นอนว่าใช้ได้ 100%
Knime สนับสนุนการประมวลผลภาพแบบ nodes (KNIP) สนับสนุนการใช้งาน macro และ plugin ด้วย
Open Microscopy Environment เป็นชุดการทำงานกับ Bio Formats, VisBio และ OMERO ซึ่งได้รวมเอาไว้กับ ImageJ
RImageJ เป็นฟรีซอฟต์แวร์ที่ช่วยในการคำนวณทางด้านสถิติและกราฟิก เอกสารเกี่ยวกับ RImageJ สามารถหาได้จาก http://cran.r-project.org/web/packages/RImageJ/RImageJ.pdf ดูหัวข้อ Bio7 ที่พัฒนาจากความสามารถของ ImageJ
MIJ หรือ Matlab-ImageJ เป็นตัวเชื่อมความสามารถระหว่างจาวาและแมทแล็บ (Java and Matlab) ซึ่งนับว่ามีความจำเป็นอย่างมากที่ช่วยให้ Matlab สามารถเรียกใช้งาน library ของ ImageJ ผ่าน Matlab ได้ ซึ่งไลบรารี่ของ Fiji เองก็มี Fiji.m ที่เป็นตัวอย่างการสร้างคอมโพเนน (Component) เอาไว้แล้วเรียนกใช้งานผ่าน Matlab นั้นเอง
ไม่มีความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น