การใช้งาน เมนู Plugins->Macros กับโปรแกรม ImageJ

Plugins

Macros

ประกอบด้วยคำสั่งเกี่ยวกับ การติดตั้ง การทำงาน และการบันทึกมาโคร สามารถเพิ่มผ่านเมนู Plugins->Macros->Install  รายชื่อมาโคร เก็บไว้ในโฟลเดอร์ macros ชื่อไฟล์ StartupMacros.txt ซึ่งจะเพิ่มเข้าเมนูในโปรแกรมอัตโนมัติ หากมีการใช้ชื่อมาโครที่ซ้ำกัน ตัวใหม่ล่าสุดก็จะทับตัวเก่า

Install…
เพิ่มมาโครเข้าไปด้านล่างของเมนูย่อย หากต้องการดูคำสั่งของมาโคร เปิดด้วย File->Open และใช้ Editor’s macros->Install Macros ก็ได้ มาโครที่มีชื่อในไฟล์ ...ImageJ/macros/StartupMacros.txt จะแสดงอัตโนมัติหากมีการเปิดโปรแกรม ImageJ และโปรแกรมตั้งแต่เวอร์ชั่น 1.44f เป็นต้นมา หากมีการใช้มาโครบ่อย ๆ ก็จะมีการเพิ่มเข้าไปเมอัตโนมัติเช่นกัน

Run…
เป็นการโหลดและรันคำสั่งในมาโคร โดยไม่ต้องเปิดหน้าต่าง Editor หากต้องการรันมาโคร และดูคำสั่งด้วย ให้ใช้วิธีการ File->Open และใช้ Editor’s Macros->Run Macro

Startup Macros…
เปิดไฟล์ …ImageJ/macros/StartupMacro.txt  และสามารถเปิดด้วยวิธีกดปุ่ม shift ค้างเอาไว้ขณะที่เลือก Startup Macro จากรายการเมนู drop-down

Record…
เป็การเปิดเครื่องมือการบันทึกมาโคร  เพื่อสร้างมาโคร ด้วยการเปิดตัวบันทึกมาโคร ใช้คำสั่งที่มีใน ImageJ หลังจากนั้นกดปุ่ม Create   หลังจากเปิดหน้าต่างการบันทึกเรียบร้อยแล้ว เราจะสามารถสร้าง ฟังก์ชัน run() ประกอบด้วย 2 ส่วน คือ ส่วสนของชื่อคำสั่ง และส่วนที่สองคือส่วนของการส่งค่า

_สร้างสี่เหลี่ยม วงรี และเส้น จะทำการสร้าง makeRectangle(), makeOver(), makeLine()

_คลิกที่ Auto หรือ Set ในเมนู Image->Adjust->Threshold…[T] เพื่อสร้าง Threshold() และคำสั่ง Reset จะสร้าง resetThreshold()

_เลือกภาพจากหน้าต่างจะมีเมนู selectWindow()

_คลิกที่เมนู Image->Color->Color Picker...[K] เพื่อกำหนดฟังก์ชัน setForegroundColor() และ setBackgroundColor()

หมายเหตุ  เราสามารถลดส่วนคมเม้นที่เกิดจากการสร้างคำสั่งได้  แต่มันอาจจะมีประโยชน์ในการเขียนมาโครของตัวเอง หรือการสร้าง ‘Session Logs’ ในกรณีนี้เราสามารถให้บันทึกมาโครโดยให้ ImageJ ช่วยการจัดเก็บและสร้างมาโครให้มีความสมบูรณ์

ภาพ Virtual Stack สามารถ Batch Process ได้ ง่ายมากสำหรับการประมวลผลภาพรวดเดียวทุก slice ใน Stack

Virtual Stack….

คำสั่งนี้คล้ายกับกับการใช้งานส่วนของ Batch->Macro... คือการอนุญาตให้ภาพแบบ Virtual Stack แก้ไขได้ เช่น การครอบ (cropping) โดยมีขั้นตอนการประมวลผลดังนี้

1. เปิด virtual stack สามารถเปิดขึ้นมาได้หลายภาพที่เป็น stack แต่โปรแกรมจะเลือกเอา stack ที่เลือกล่าสุดสำหรับการประมวลผล
2. Run Process->Batch->Virtual Stack…
3. เลือก Output Folder และ Output Format
4. เลือกรายการ Add Macro จากรายการเลือกแบบ drop-down
5. แก้ไขมาโคร (Macro) เท่าที่จำเป็น และ กด Test เพื่อตรวจสอบคำสั่งมาโคร (Macro) ที่ได้แก้ไข

ภาพประกอบ

1. ภาพ stack ประกอบไปด้วย 3 slices ดังนี้

slice 1/3

slice 2/3

slice 3/3

2. เปิดเมนูการใช้งาน

3. ตั้งค่าการทำงาน ในตัวอย่างนี้จะ crop และ กำหนดเส้นขอบด้วย มาโคร (Macro)

กำหนด Folder สำหรับเป็น output

4. ตั้งค่าการทำงาน ในตัวอย่างนี้จะ crop และ กำหนดเส้นขอบด้วย มาโคร (Macro)

5. แก้ไขมาโคร (Macro) เพิ่มเติมได้

ยอดเยี่ยมกับ Batch process ด้วย Macro สามารถกำหนดการประมวลผลด้วยชุดคำสั่งมาโคร พร้อมแก้ไขกลุ่มภาพประมาณมาก

Macro…

เป็นการเรียกใช้คำสั่งมาโคร (macro) สำหรับโฟลเดอร์ที่กำหนด มาโครที่เรียกใช้งานล่าสสุดจะถูกเก็บไว้ที่ .../ImageJ/macros/batchmacro.ijm และจะจดจำไว้หลังจากเริ่มใหม่ (restart)

Input… เลือกตำแหน่งภาพที่จะประมวลผล

Output… เลือกโฟลเดอร์ปลายทางที่จะประมวลผล ภาพที่ประมวลผลแล้วจะไม่ถูกบันทึกหาไม่ได้เลือกช่อง Output.. เอาไว้

Output Format กำหนดรูปแบบ (Format) สำหรับผลลัพธ์ที่ต้องการ TIFF, 8-bit TIFF, JPEG, GIF, PNG, PGM, BMP, FITS, Text Image, ZIP หรือ Raw

Add Macro Code  เป็นตัวเลือกแบบ drop-down ประกอบด้วยำสั่งย่อ ๆ ของมาโคร  คำสั่งอื่น ๆ สามารถเพิ่มลงจาก macro recorderก็ได้ หรือ ตัวแก้ไข ImageJ’s editor ในขณะที่ไดอะล็อคเปิดอยู่ และยังสามารถ import ได้จากเมนู Opend...  เมื่อเปิดหน้าแก้ไขมาโครอยู่ต้องระมัดระวังการแก้ไขคำสั่งพื้นฐานของการประมวลผล เช่น Close() หรือ Open() เป็นต้น

File name contains เปิดไฟล์ที่มีส่วนของคำที่กำหนดในช่องนี้

Test  เป็นการทดสอบมาโคร สำหรับภาพแรกของโฟลเดอร์ Input... (ผลการประมวลผลจะถูกแสดงขึ้นมา)

Open… เป็นคำสั่งนำเข้า (Import) มาโครที่ได้เขียนเอาไว้แล้ว

Save… บันทึก มาโคร

ตัวอย่าง

ภาพก่อนการประมวลผล ประกอบด้วย  คำสั่ง crop และ คำสั่ง ใส่เส้นขอบ

ภาพหลังใช้ batch processing  ด้วย macro

ใช้มาโคร (macro) เปลี่ยนแปลงข้อมูล pixels ภาพ ด้วยสมการที่กำหนด

คำสั่ง Macro...

เป็นการเปลี่ยนแปลงภาพด้วยการกำหนดรูปแบบสมการสำหรับการเปลี่ยนแปลงค่าเอง เพื่อความแม่นยำและตรงกับความต้องการมากกที่สุด ดังภาพตัวอย่างประกอบ จากตัวอย่างด้านล่างจะใช้สมการ

v=(v+30)-20*cos(d/10)

และ

v=v+50*sin(d/10)

ตัวอย่าง

การเลือกเมนู

ผลลัพธ์

ตัวอย่างที่ 1

ตัวอย่างที่ 2