เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 17] Binary, Convert to Mask การสร้าง Mask

Convert to Mask

การแปลงภาพ stack ไปเป็นภาพขาวดำ การ Mask จะเป็นการใช้ค่า Inverting LUT (ขาว=0, ดำ=255) ยกเว้นการตั้งค่า Back Background ในเมนู Process->Binary->Options...

หน้าต่างการตั้งค่า

การตั้งค่าสำหรับ Convert to Mask

Calculate Threshold for Each Image:  ถ้าเลือกตัวเลือกนี้การคำนวณค่า Threshold จะเป็นการคำนวณแยกแต่ละ Slice

Black Background:  กำหนดพื้นหลังเท่ากับดำ และวัตถุเป็นสีขาว ค่านี้จะถูกกำหนดเอาไว้ให้ตรงข้ามในเมนู Process->Binary->Options...

ตัวอย่างการใช้งาน

ภาพประกอบ

การเลือกเมนู

เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 15] Binary ภาพขาวดำ

Binary

เมนูย่อยของการสร้างภาพแบบขาว-ดำ มีหลากหลายแบบ โดยต้องมีวัตถุสีดำ บนพื้นหลังสีขาว

ตัวอย่างการสร้างภาพขาว-ดำ แบบต่าง ๆ

ภาพก่อนการทำภาพขาวดำ

คำสั่ง Binary->Make binary

ส่วนการสร้างภาพขาวดำแบบอื่น ๆ ต้องการภาพ 8-bit ซึ่งจะเปลี่ยนภาพต้นแบบเป็นดังภาพด้านล่าง

ภาพ 8-bit แบบขาวดำ

ผลลัพธ์การสร้างแบบขาวดำจากต้นแบบภาพ ขาวดำแบบ 8-bit

Erode

Dilate

Open

Close-

Outline

Fill Holes

Skeletonize

เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 16] Binary การสร้างภาพขาวดำ

Make Binary

การสร้างภาพขาวดำโดยกำหนด threshold ได้จากเมนู Image->Adjust->Threshold...[T] พร้อมมีตัวเลือกกำหนดค่า วัตถุสีดำ พื้นหลังสีขาว และกำหนด วัตถุสีขาว พื้นหลังสีดำ ได้ที่เมนู Process->Binary->Options...

เมื่อกำหนดค่าเรียบร้อยแล้ว การสร้างภาพขาวดำจะพิจารณา histogram ของภาพหรือส่วนพื้นที่ที่เลือกเอาไว้ จะได้ค่า threshold แต่โปรแกรมคำนวณที่แสดงไว้ที่ Status bar

ตัวอย่างการตั้งค่า

ตัวอย่างการตั้งค่า

ตัวอย่างการสร้างภาพขาว-ดำ

ภาพทดสอบ

การตั้งค่า Threshold ที่เมนู Image->Adjust->Threshold

ภาพที่ถูกการปรับ Threshold

การเลือกเมนู

ภาพผลลัพธ์การสร้างภาพขาว-ดำ

เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 14] Shadows เมนูเกี่ยวกับการจัดการเรื่องเงา

Shadows 

คำสั่งนี้จะมี เมนูย่อย ที่ประกอบด้วย Shadow effect ว่าแสงมาจากทิศทางใด เช่น คำสั่ง Convolution 3x3 เป็นฟังก์ชันของ ImageJ ตัวอย่างด้านล่างนี้ เป็ฯ Convolution แต่ละแบบ

ตัวอย่าง

ภาพนำเข้า

Shadows->North

Shadows->Northeast

Shadows->East

Shadows->South

Shadows->Southeast

Shadows->West

Shadows->Westeast

เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 13] Noise, Remove NaNs... เป็นชุดคำสั่งที่แทนที่ค่า NaN ในรูปภาพ

Remove NaNs...

ใช้แทนค่า NaNs pixel ในภาพ 32-บิต (Float) โดยค่า Median ของ พิกเซลในวงกลมที่กำหนด ไม่ควรกำหนดขนาดวงกลมให้มีขนาดใหญ่มาก


ค่า NaNs มักจะมาจากการใช้คำสั่ง Filters จากคำสั่งประเภท Process->Filters->Gaussian Blur..., Meann..., และ Variance...

ตัวอย่างการเลือกเมนู

เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 12] Noise, Remove Outliers... เป็นชุดคำสั่งที่ช่วยลด Hot pixel, Dead pixel ของกล้องแบบ CCD

 Remove Outliers...

เป็นเทคนิคการแทนค่าพิกเซล ด้วยการพิจารณาพิกเซลรอบข้าง กลาง แบบ Median เป็นชุดคำสั่งที่ช่วยลด Hot pixel, Dead pixel ของกล้องแบบ CCD ซึ่งสามารถตั้งค่าต่าง ๆ ได้ดังนี้

Radius  ใช้พิจารณาขอบเขตในการคำนวณค่า Median สามารถใช้คำสั่ง Process->Filters->Show Circular Masks เพื่อแสดงขอบเขตพื้นที่ในการคำนวณได้

Threshold ใช้พิจารณาค่าพิกเซลที่เบี่ยงเบนจากค่า Median

Which Outliers พิจรารณาค่าพิกเซลที่สว่างกว่าหรือค่ามากกว่าค่า Median และแทนที่

ตัวอย่าง

ตัวอย่างภาพที่มี Hot pixel จุดสีแดง

ตัวอย่างการเลือกเมนู Noise->Remove Outliers...

ยั้นตอนแรกจะลบจุดสีแดง ด้วยการลบจุดที่สว่างก่อน ตามการตั้งค่าตามภาพนี้

ตามด้วยขั้นตอนที่สองที่จะลบจุดสีแดง ด้วยการตั้งค่าตามภาพด้านบน

ภาพผลลัพธ์หลังจากการลบจุดสีแดงออกไปแล้ว

จากตัวอย่างจะเป็นการลบจุด Noise ที่เป็นผลมาจากกล้องถ่ายรูป หรือ จุดเราไม่ต้องการ เพียงเล็กน้อย สามารถใช้เครื่องมือนี้ในากรลบจุดสีแดง หรือที่เรียนกว่า Hot pixel ได้

เมนู Process with ImageJ [ตอนที่ 11] Noise, Despeckle เป็นชุดคำสั่งที่ช่วยลดจุดด่างดำบนภาพ

Despeckle

ใช้ Median filter ในการแทนค่า พิกเซล ขนาด 3 x 3 พิกเซล ของพิกเซลรอบข้าง ค่อนข้างใช้เวลานานในการประมวลผลเนื่องจาก 3 จุดรอบนอกต้องเสียเวลาในการเรียงลำดับค่ากลาง เพื่อแทนที่ข้อมูล แต่วิธีนี้ดีในการลบข้อมูลที่เป็น Salt and Pepper

ตัวอย่าง

ภาพตัวอย่างการมี Noise

ตัวอย่างการเลือกเมนู

ตัวอย่างผลลัพธ์ที่ได้ จากการลบ Noise จะได้ภาพพื้นที่สาวที่ไม่มีจุดรบกวนสายตา

จากภาพที่มี Noise ที่เป็นจุดรบกวนสายตา สามารถลบด้วย เมนู Despeckle ของโปรแกรม ImageJ ได้