เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 12], Compiler กำหนดเวอร์ชั่น Java runtime ตอน compile สคริป

Compiler

ในนหน้าต่างนี้จะเป็นตัวเลือกเกี่ยวกับการเลือกใช้คำสั่งจากเมนู Plugins->Compile and Run...

Target กำหนด Java version ของคลาสที่สร้างด้วย Plugins->Compile and Run... คำสั่งที่ถูกคอมไพด้วยเวอร์ชั่น 1.6 จะไม่สามารถทำงานได้บน Java 1.4 ควรมีการสร้าง plugins ให้สอดคล้องกันของ ImageJ ด้วย ในหัวข้อนี้จะไม่สามารถสร้าง Java ได้สูงกว่าเวอร์ชั่นของ ImageJ ที่เรียกใช้งานอยู่

Generate Debugging Info (javax -g) ถ้ามีการเลือกตัวเลือกนี้  ส่วสนของการตรวจสอบดีบักจะรวถึงการทำงานของคลาสจาวา ปกติด้วย

เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 11], Proxy Settings กำหนดค่าการเชื่อมตต่อเน็ต สำรับ ImageJ ประมวลผลผ่านอินเทอร์เน็ต

Proxy Settings

ใช้หน้าต่างนี้เพื่อกำหนดค่า Proxy สำหรับ Java Virtual Machine ซึ่งบางครั้งมีความจำเป็นของ ImageJ เพื่อเชื่อต่ออินเทอร์เน็ตเพื่อประมวลผลผ่าน HTTP เช่น ต้องการอัพเดต ImageJ ได้ผ่านเมนู Help->Update ImageJ... หรือเปิดไฟล์ ผ่านเมนู File->Open Samples->

หากต้องการใช้ค่า Proxy จากระบบปฏิบัติการ คลิกเลือกเครื่องหมายถุฏที่  Or use system proxy settings หากต้องการกำหนดค่าแบบกำหนดด้วยตัวเองให้ระบบที่อยู่ HTTP ของ Proxy server และ กำหนด port (ปกติที่ 8080) บันทึกในส่วนของ ImageJ preferences (IJ_Prefs.txt)

เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 10], Memory & Threads, ติดตั้ง ImageJ ให้หมาะสมกับระบบปฏิบัติการ สร้าง Parallel แบบหลาย threads ตั้งค่า multi-undo และการ Garbage เพื่อคืนค่าหน่วยความจำที่ไม่ได้ใช้

Memory & Threads

ในหน้าต่างนี้สามารถกำหนดจำนวนหน่วยความจำสำหรับให้ ImageJ ใช้งานในการคำนวณต่าง ๆ และสามารถกำหนดจำนวนเทรดที่สามารถทำงานพร้อมกันได้ในส่วนของการกำหนด Filters ปกติโปรแกรมจะต้องกำหนดหน่วยความจำเอาไว้ใช้งานประมาณ 640MB แต่ในหน้าต่างนี้สามารถกำหนดได้มากกว่านีได้

การกำหนดให้มีค่ามากว่า 75% ของแรมจริง จะมีผลกระทบต่อ Virual RAM ซึ่งอาจทำให้ระบบช้าและไม่เสถียร การกำหนดนี้จะไม่มีผลต่อการรัน ImageJ ด้วย command line และ การดับเบิลคลิกที่ไฟล์ ij.jar

Maximum memory ระบบปฏิบัติการ แบบ 64-บิต และ Java เวอร์ชั่น 64 บิต ต้องการค่าประมาณ 1700 MB ผู้ใช้งานวินโดว์แบบ 64-บิต ควรโหลดโปรแกรม ImageJ รุ่น 64 บิตมาใช้งาน และ Java runtime แบบ 64 บิต ด้วย ผู้ใช้งาน OS X 10.5 หรือเวอร์ชั่นหลังจากนี้ควรใช้ Java Preferences (/Application/Utilities/Java) เพื่อเลือกเวอร์ชั่น Java 64 บิต รวมถึงควรเลือก ImageJ version 64 บิต ด้วย ผู้ใช้งาน Linux ควรเลือกใช้เวอร์ชั่น 64 บิต ทั้ง ImageJ และ Java ด้วย แถบชื่อด้านบน (Title bar) ก็จะแสดงคำว่า Memory (64-bit) เมื่อทำงานบนระบบ 64-บิต


Parallel threads for stacks พิจารณาจำนวนของเทรด เมื่อใช้งานคำสั่ง Process->Filters->  และ Process->Math-> ค่าเริ่มต้นของระบบจเป็นจำนวนที่ หน่วยประมวลผลมีใช้งาน

Keep multiple undo buffers ถ้าเลือก การย้อนกลับ ของขั้นตอนการประมวลผล ได้ผ่านทางเมนู Edit->Undo [z] ถ้าไม่เลือก Keep multiple undo buffers หน่วยความจำจะ reset ทุกครั้งที่เปลี่ยน Active window ของภาพ

Run garbage collector on status bar click ถ้าเลือก การเคลียร์ค่าของหน่วยความจำทุกๆ ครั้งที่ผู้ใช้งานคลิกที่ Stats bar ช่วยคืหน่วยความจำที่ไม่ได้ใช้งานแล้ว (ดูเพิ่มเติมได้ที่ Plugins->Utilities->Monitor Memory...

เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 9], Conversions เมนูตั้งค่า สำหรับการแปลงภาพใน ImageJ ให้มีคุณภาพที่ดี

Conversions

กำหนดค่าเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงชนิดของภาพ ตัวเลือกประกอบด้วย

Scale When Converting จะปลี่ยนค่าพิกเซล min-max เป็น 0-255 เมื่อแปลงจากภาพ 16-บิต หรือ 32-บิต หรือ เมื่อแปลงค่าจาก min-max เป็น 0-65535 เมื่อแปลงภาพจาก 32-บิต เป็น 16-บิต จะมีผลเมื่อเลือกที่ตัวเลือกนี้และเปิด ImageJ ในครั้งต่อไป (เมื่อเปลี่ยนค่าแล้วต้องปิดและเปิดโปรแกรมใหม่)

Weighted RGB Conversions (0.30, 0.59, 0.11) เมื่อเลือกตัวเลือกนี้ถูกเลือก สูตรภาพระดับเทา จะเท่ากับ 0.299 x red + 0.587 x green + 0.114 x blue ใช้ในการแปลงภาพเป็นภาพระดับเทา ถ้าไม่มีการเลือกการแปลงภาพระดับเทาจะใช้ตามสูตร gray=(red+green+blue)/3 ค่าเริ่มต้นคือ (0.299,0.587,0.114) จะเป็นค่ามาจากค่าการมองภาพของมนุษย์ RGB เป็น YUV ใช้ในแอนะล็อกทีวี ซึ่งค่านี้สามารถเปลี่ยนแปลงได้โดยใช้ macro และเรียกใช้ไฟังก์ชัน setRGBWeights()

เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 8], Appearance

ในหน้าต่างนี้ประกอบด้วยตัวเลือกสำหรับควบคุมการแสดงภาพ และการแสดงผลหน้าต่างหลักพวกแถบเครื่องมือ ไอคอน ขนาดตัวอักษรของเมนู

Interpolate zoomed images การแสดงผลแบบขยายภาพ

Open Images at 100%  เมื่อเปิดภาพขึ้นมาใหม่จะแสดงผลแบบ 100% (1 พิกเซลภาพ = 1 พิกเซลหน้าจอ)

Black Canvas สร้างพื้นที่ของภาพด้านหลังกรณีเป็นภาพแบบ X-ray จะมองเห็นเป็นสีดำ (ค่าเริ่มต้นเป็นสีขาว)

No image border แสดงหรือซ่อนขอบของภาพ

Use inverting lookup table เมื่อเปิดภาพ 8 บิต จะแปลงภาพให้ 0 = สีขาว และ 255 = สีดำ และปรับเปลี่ยนค่าใน LUT ใช้เมนู Image->Lookup Tables->Invert LUT เพื่อเปลี่ยนแปลงภาพโดยไม่เปลี่ยนแปลงค่าพิกเซล

Double Buffer Selections ลดความสว่างเมื่อมีการเลือกซับซ้อนกัน แต่ใช้หน่วยความจำค่อนข้างมาก และหน้าจอจะอัพเดตช้า ไม่มีความจำเป็นบนเครื่อง Mac OS X สำหรับตัวเลือกนี้

Antialiased tool icons  ความนุ่มนวลและความแข็งกระด้างของเมนูบนกลุ่มเมนูหลัก โดยค่าเริ่มต้นขึ้นอยู่กับระบบปฏิบัติการ เช่น Windows XP จะเปิดใช้งาน Clear Type sub-pixel anti-aliasing เพื่อปรับส่วนของเมนูให้มีประสิทธิภาพ

Menu font size กำหนดขนาดตัวอักษรเมนูของโปรแกรม ค่า 0 จะใช้ค่าเร่ิมต้นของ Java runtime เปลี่ยนขนาดตัวอักษรเสร็จแล้วปิดโปรแกรมแล้วเปิดใหม่เพื่อเป็นการรีเซตค่าที่ได้กำหนดเอาไว้ ในตัวเลือกนี้ไม่สามารถกำหนดค่าได้ใน Mac OS X

เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 8], Arrow Tool, Point Tool, Wan Tool, Color

Rounded Rect Tool. . .

ดูเพิ่มเติมที่หัวข้อ Rounded Rectangular Selection Tool.

Arrow Tool. . .
ดูเพิ่มเติมที่หัวข้อ  Arrow Tool.

Point Tool. . .
ดูเพิ่มเติมที่หัวข้อ  Point Tool.

Wand Tool. . .
ดูเพิ่มเติมที่หัวข้อ  Wand Tool.


Colors. . .

จะแสดงส่วนที่ให้ผู้ใช้งานสามารถเลือกสีพื้นหลัง สีสำหรับวาด รายละเอียดบางส่วนอยู่ในหัวข้อ Point Tool และ Wand Tool   โดยสามารถวาดเครื่องมือ Arrow, Brush, Food Filter และ Pencil

นอกจากนี้ยังสามารถใช้ปุ่มคีย์บอร์ดเลือกสีแทนการเลือกได้ โดยใช้สคริปมาโคร ดังนี้

/* This macro loops through the all the possible Selection colors using  -
"q" as a keyboard shortcut */
var cIdx ;
macro " Change Selection Color [q]" {
color = newArray ("red", " green ", " blue "," magenta ", " cyan ", " yellow ",  -
" orange ", " black ", " white ");
run (" Colors ...", " selection ="+ color [ cIdx ++]);
i f ( cIdx == color .length) cIdx = 0;
}

เมนู Edit with ImageJ [ตอนที่ 7], Pfofile plot Option, Plot Width and Plot Height, Fixed y-axis Scale, Do not Save z-values, Auto-close, Vertical Profile, List values, Interpolate line profiles, Draw grid lines, Sub-pixel resolution

Profile plot Option...

ใช้หน้าต่างนี้สำหรับควบคุมการแสดงผลแบบกราฟ  ซึ่งการแสดงผลแบบกราฟนี้สามารถเรียกใช้ได้จากเมนู
Image->Stacks->Plot Z-axis Profile...,
Analyze->Plot Profile [k],
Analyze->Calibrate...,
Analyze->Tools->Curve Fitting...,

โดยมีรายละเอียอดสำหรับการตั้งค่าดังนี้

Plot Width and Plot Height กำหนดความยาว (ในหน่วย พิกเซล) ของแนวแกน X  หรือความกว้าง และ แนวแกน Y  ความสูงของกราฟ

Fixed y-axis Scale  ถ้ามีการเลือก ตัวเลือกนี้ ค่าแนวแกน Y  จะถูกกำหนดแบบค่าคงที่ และจะใช้ค่าจากช่อง  Minimum Y  และ  Maximum Y หากมีการกำหนดค่าเป็นแบบอื่น ค่าจะถูกกำหนดบนพื้นฐานของค่าระดับเทาของ  minimum and maximum

Do not Save z-values  ถ้าหากมีการกำนดค่าตัวเลือกนี้ รายการเมนู 'List', s'Save...' และ 'Copy...' จะแสดงปุ่มในข้อมูลของกราฟที่แสดงผลด้วย

Auto-close  หากมีการเลือกตัวเลือกนี้เอาไว้ ข้อมูลของหน้าต่างกราฟ จะปิดอัตโนมัติ เมือมีการคลิกเลือก  'List', 'Save', 'Copy'

Vertical Profile  หากมีการเลือกตัวเลือกนี้ (อธิบายเพิ่มเติม) จะเป็นการเปลี่ยนแปลงค่าแถวเฉลี่ยของพื้นที่เลือกเอาไว้ สี่เหลี่ยม หรือ แบบเส้นที่มีความกว้างมากกว่า 1 แทนค่าเดิมที่ได้คำนวณเอาไว้แล้ว

List values  ถ้ามีการเลือก ค่า list จะมีการเปิดอัตโนมัติ หากมีการเลือก Auto-close เอาไว้ด้วยค่านี้ก็จะถูกเปิดค้างเอาไว้โดยไม่ปิดอัตโนมัติ

Interpolate line profiles  ถ้าหากมีการเลือกเอาไว้ เมื่อมีการใช้คำสั่ง Analyze->Plot Profile [k] จะมีการเรียกใช้อัลกอริทึม bilinear เมื่อมีการเรียกคืนค่าที่เกิดจากการเลือก

Draw grid lines ถ้ามีการเลือกจะแสดงเส้นตารางสีเทาขึ้นมาด้วย

Sub-pixel resolution หากมีการเช็ค การเลือกด้วยเส้น ในขณะที่ซูมภาพ จะใช้ค่า floating-point ในการระบุจุดบนภาพ

Help  เปิดตัวช่วยเหลือจาก เว็บเพจ http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/edit.html#plot-options