Macro with ImageJ

มาโครเป็นโปรแกรมที่ง่าย และทำงานตามลำดับคำสั่ง สามารถบันทึกการใช้งานด้วยคำสั่งบันทึกของ Macro จาก เมนู Recorder (Plugins->Macros->Record...)

การบันทึก Macro จะบันทึกเป็นไฟล์ .txt หรือ .ijm หลังจากติดตั้งแล้วสามารถเรียกใช้งานได้จากเมนู Plugins->Macros->submenu หรือกำหนดค่าผ่าน Keyboard ก็ได้ นอกจากนี้ทุก ๆ Macro จะบันทึกไว้ที่ไดเรกทอรี่ ImageJ/plugins ด้วยไฟล์นามสกุล .ijm

ในเว็บไซต์ของ ImageJ มีมาโครให้ใช้งานมากกว่า 300 กว่ามาโคร  หากต้องการลองใช้งานสามารถเปิดบราวเซอร์และลากมาโดยตรงที่หน้าต่างหลักของโปรแกรม ImageJ หรือ ตัดลอกไว้ที่ clipboard (Ctrl+A, Ctrl+C) กลับมาที่โปรแกรม ImageJ (IJ) และรันด้วยคำสั่ง File->New->System Clipboard [V] (Ctrl+Shift+V) ในการวางคำสั่งไว้ที่หน้าต่าง macro editor รันมาโครใช้คำสั่ง Macros->Run Macro หรือคำสั่ง Ctrl+R มาโครจำนวนมากจะถูกเก็บไว้สำหรับเรียกใช้งานที่โฟลเดอร์ ภายใต้ folder ImageJ

Macro Programming
ชุมชนในการสร้าง คู่มือของมาโครที่ดีนั้น มีหลายที่สามารถแนะนำได้ดังนี้

1. The ImageJ Macro language --- Programmer's Reference Guide by Jerome Mutterer and Wayne Rasband
http://imagej.nih.gov/ij/docs/macro_reference_guide.pdf

2. The Built-in Macro Functions webpage (Help->Macro Functions... and Macros->Function Finder...[F] ในหน้าต่าง Editor)
http://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html

3. Tutorial on the Fiji webpage
http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Macro_Programming

4. How-tos and tutorials on the ImageJ Documentation Portal
http://imagejdocu.tudor.lu/

Extension with ImageJ

เครื่องมือช่วยสนับสนุนการทำให้ของ ImageJ อีกแบบจะอยู่ในรูปแบบของคำสั่ง และโหลดเข้าไปใน ImageJ เพื่อให้สามารถมีคำสั่งที่ช่วยเหลือในการทำงานมากยิ่งขึ้น ซึ่งบางทีเรียกว่า macros, script หรือ plugin นอกจากนี้ ยังมีบริการทางเว็บของ ImageJ กว่า 300 macros, 500 plugin และ กว่า 20 script โดยเครื่องมือสนับสนุนการทำงานของ ImageJ นั้นสามารถอธิบายคร่าว ๆ ได้ดังนี้

Macros - เป็นวิธีการค่อนข้างง่ายในการเรียกใงาน เป็นการเขียนสคริปคล้ายกับภาษาจาวา (Java) ครั้งโครงสร้างและการเขียนที่คล้ายกัน เมื่อเขียนฟังก์ชันก็สามารถเรียนกใช้ฟังก์ด้วยกันได้ด้วย Macros สามารถบันทึกไฟล์ในแบบ .txt และ .ijm

Plugins - เป็นชุดคำสั่งที่มีประสิทธิภาพ ยืดหยุ่น และเร็วกว่า Macros โดยส่วนมากแล้ว Plugins จะแสดงเป็นเมนูของ ImageJ แต่ยากในการเขียนและการดีบักตรวจสอบความผิดพลาด เขียนด้วยภาษา Java บันทึกไฟล์ในรูปแบบ .java และคอมไพล์เป็น .class

Scripts - ImaeJ ใช้ Mozilla Rhino เป็น interpreter ในการรัน javascript การทำงานคล้ายกับ plugin สคลิปนี้สามารถเข้้าถึงคำสั่ง API ของ ImageJ และ Java ได้แต่ไม่ต้องคอมไพล์ แต่สคลิปมีความยากกกว่า Macros และนำมาใช้น้อยกับ ImageJ

Settings and Preferences with ImageJ

ไฟล์สำหรับเก็บการตั้งค่าของโปรแกรม ImageJ นั้นจะบันทึกไว้ที่ไฟล์ชื่อ IJ_prefs.txt โดยมีตำแหน่งการเก็บไฟล์ไที่

1. Mac OS X = ประมาณ /Library/Preferences
2. Linux และ Windows = ประมาณไดเรกทอรี่ Home

ไฟล์นี้จะเก็บการตั้งค่า macros และ plugins ต่าง ๆ หากต้องการลบค่าการตั้งค่าที่ได้ตั้งค่าเอาไว้ เนื่องจาก ImageJ จะทำการบันทึกการตั้งเองอัตโนมัติ และสามารถเริ่มการทำงานกับค่า Default ได้จากเมนู Edit->Options->Reset

บางครั้งอาจจะทำการสืบทอดจากไฟล์ที่ได้ตั้งค่าเอาไว้ก่อนก็ได้ (Override) ก็ได้ ตัวอย่างการตั้งค่า เช่น
1. ตั้งค่า TIFF tag values ได้ที่เมนู Debug Mode ใน Edit->Options->Misc...
2. ตั้งค่า Bicubic interpolation ได้ที่เมนู Edit->Selection->Straighten...
3. การตั้งชือคอลัมน์ของตาราง Results Table ใน Display Label ใน Analyze->Set Measrements
4. ตั้งค่า Threshold ด้วย Limit to Threshold ใน Analyze->Set Measurements...
5. ตั้งค่าเกี่ยวกับ Binary ที่ Limit to Threshold ใน Analyze->Set Measurements...
6. ตั้งค่า Background color เปนสีดำ และ Foreground color เปนสีขาว ที่ Black back-ground ใน Process->Binary->Options
7. กำหนดขนาดของ ImageJ plots ได้ที่ Edit->Options->Profile Plot Options...
8. เปิด B&C widget ในตำแหน่งที่บันทึกบนหน้าจอล่าสุดได้จาก Image->Adjust->Brightness/Contrast...

และอีกหลาย ๆ ค่าสามารถเลอกทดลองปรับแต่งได้จากเมนูต่าง ๆ หากผิดพลาดในการปรับแต่งค่าก็สามารถทำการ Reset และเริ่มตั้งค่าใหมได้

3D Volumes with ImageJ

ImageJ มีข้อจำกัดของการใช้งานด้าน 3D  และได้แก้ไขปัญหาด้วยความสามารถของ ImageJ2 ซึ่งได้สนับสนุนการใช้งานแบบ 3D ROIs แต่ในเวอร์ชั่นของ ImageJ นั้นก็มี plugin ที่สามารถนำมาใช้งานทดแทนได้บ้าง

ตัวอย่าง plugin ทางด้าน 3D ที่มีใช้งานใน ImageJ

1. 3D Filters การสร้างงาน Filters แบบ 3D สามารถเรียกใช้งานจากเมนู Process->Filters->Gaussian Blur 3D

ภาพก่อน Filter 3D

ภาพหลังทำ Filter 3D

2. 3D Object Counter ซึ่งการทำงานคล้ายกับ 2D แต่ต้องติดตั้ง 3D Roi Manager ให้กับ ImageJ ด้วย

ตัวอย่างการใช้ 3D Object Counter

3. 3D Viewer เป็นการสร้างภาพเสมือน 3D ให้กับ ImageJ เป็นส่วนที่ช่วยให้คำสั่ง Image->Stacks->3D Project สามารถทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ตัวอย่างภาพที่ทำ 3D Project

ตัวอย่าง ImagJ 3D Viewr

ตัวอย่าง Surface Plot

ทั้งหมดนี้เป็นเพียงตัวอย่างการแสดงผล เพราะเครื่องมือ 3D มีให้เลือกใช้สำหรับการวิเคราะห์ภาพที่หลากหลายมากกว่านี้

การทำภาพ Overlays ด้วย ImageJ [ตอนที่ 2]

ในตอนที่ 2 จะเป็นการแสดงผลของการทำ Overlay เฉพาะจุด เหมาะกับการวิเคราะห์ภาพ หรือต้องการเน้นจุดนั้นมีความสำคัญขึ้น

ตัวอย่างที่ 2 การแสดงเฉพาะส่วนของภาพที่ต้องการ
หากต้องการแสดงภาพแมลง โดยแสดงเฉพาะส่วน บริเวณรอบๆ แมลง ดังภาพด้านล่าง

ตัวอย่างผลลัพธ์

 การแสดงผลเฉพาะตัวแมลง สามารถทำได้ดังนี้

1. เปิดภาพขึ้นมาตามรูป

เตรียมภาพ

2. คลิกที่ภาพต้นแบบในที่นี้คือภาพแมลง และทำการวาดพื้นที่ด้วยเครื่อง Freehand selections รอบตัวแมลง (เส้นสีเหลืองรอบตัวแมลง)

เลือกหน้าต่างแมลง

3. หลังจากนั้นเปลี่ยนการเลือกจากพื้นที่ของแมลงเป็นพื้นที่ ที่ตรงข้ามคือบริเวณพื้นหลังทั้งหมดที่ไม่รวมพื้นที่ของแมลง ด้วยคำสั่ง Edit>Selection>Make Inverse

คำสั่งเลือกพื้นที่ตรงข้าม

4. จะได้บริเวณการเลือกพื้นที่ใหม่สังเกตจากขอบเขตเส้นที่เหลืองจะมีบริเวณขอบของภาพด้วย

ผลการเปลี่ยนการเลือกพื้นที่

5. ทำการเพิ่มพื้นที่ที่เลือกให้กับชุดคำสั่ง Overlay เลือกที่เมนู Image>Overlay>Add Selection

คำสั่งเพิ่มพื้นที่การเลือกให้ Overlay

6. เรียกใช้งานหน้าต่าง ROI Manager

เรียกหน้าต่าง ROI Manager

7. ผลลัพธ์ภาพหน้าต่าง ROI Manager

หน้าต่าง ROI Manager

8. เลือก Selection ด้านซ้าย แล้วคลิกเลือก Properties ด้านขวา กำหนดช่อง Fill Color = red กำหนดให้พื้นที่ที่เลือกเอาไว้เป็นสีแดง

ตังค่า Properties ของ Selection

9. ผลการกำหนดพื้นที่เป็นสีแดง จะปิดส่วนพื้นหลังของภาพเหลือเพียงส่วนของแมลง ตามที่ต้องการแล้ว

ผลการกำหนดพื้นหลังเป็นสีแดง ทำให้แมลงดูเด่นขึ้น

10. หากต้องการเพิ่มภาพ Overlay เข้าไปอีกหากใช้เมนู Image>Overlay>Add Image... จะทำให้ภาพที่ได้มาแทนที่ Selection สีแดงที่ได้ทำเอาไว้ ดังนั้นหากต้องการเพิ่มภาพโดยไม่มีผลกระทบต่อ Selection ตัวเดิม ก่อนทำการเพิ่มภาพ ให้คลิกที่ปุ่ม Flattern [F] ด้านขวาก่อนจะได้ผลดังรูปด้านล่าง

ผลลัพธ์การแสดงเฉพาะจุด

11. หลังจากนั้นทำการเพิ่มรูปภาพที่เมนู Image>Overlay>Add Image...

เมนูเพิ่มภาพ

12. หน้าต่างเลือกรูป

หน้าต่างเลือกรูป

13. เมื่อเลือกภาพแล้วกดที่ปุ่ม OK

ผลการเพิ่มภาพ

14. หลังจากนั้นแก้ไข ขนาดภาพที่เพิ่ม หรือตำแหน่ง ได้ที่หน้าต่าง ROI Manager

เรียกไปที่หน้าต่าง ROI Manager

15. ได้ผลลัพธ์ตามด้านล่าง

ภาพผลลัพธ์ที่ได้เพิ่มรูปภาพ

16. ผลลัพธ์สุดท้าย

ผลลัพธ์

จบแล้วครับ น่าจะช่วยนำเอาไปใช้ในการวิเคราะห์ได้บ้างนะครับ

การทำภาพ Overlays ด้วย ImageJ [ตอนที่ 1]

ภาพที่ถูกเลือกและถูกกำหนดเป็น Overlay นั้นจะสามารถแสดงภาพที่ไม่ได้ถูกเลือกผ่านตัวเองได้ นั่นคือเราสามารถมองผ่านทะลุภาพที่เป็น Overlay เพือมองเห็นภาพอื่น ๆ ที่ไม่ได้ถูกเลือกได้ ซึ่งสามารถประยุกต์ใช้ในการวิเคราะห์ภาพได้หลากหลาย ยกตัวอย่างจากภาพต่อไปนี้

ตัวอย่างที่ 1 การซ้อนภาพเส้นไกด์ไล กับ ภาพที่ต้องการ

ภาพตัวอย่าง

วิธีทำ
1. เปิดภาพด้วยโปรแกรม ImageJ ขึ้นมา 2 ภาพ

ภาพที่ 1

ภาพที่ 2

2. หลังตากเปิด 2 ภาพ แล้วแสดงผลการเปิดได้ดังนี้

ผลการเปิด

3. ทำภาพ Overlays ด้วยการเพิ่มภาพที่ 2 ไปทับภาพที่ 1 เลือกภาพที่ 1 แล้วเลือกเมนู Image>Overlay>Add Image ...

หน้าต่าง Add Image ...

ในช่อง Image to add ให้เลือกภาพชื่อภาพที่ 2แล้วกดปุ่ม OK

4. จะได้ผลลัพธ์ดังภาพ

หลังจาก Add Image

5. กำหนดให้ภาพที่ 2 มีความทึบลดลง (Opacity) จากหน้าต่าง ROI Manager สามารถเลือกได้จากเมนู Image>Overlay>To ROI Manager

เปิดหน้าต่าง ROI Manager

6. ผลการเปิดหน้าต่าง ROI Manager จะแสดงรายชื่อภาพที่ได้เพิ่มเอาไว้ ในช่องสีขาวด้านซ้าย

หน้าต่าง ROI manager

7. กำหนดค่าโดยเลือกที่ชื่อภาพด้านซ้าย และเลือกปุ่ม Properties... ทางด้านขวา จะได้หน้าต่างการกำหนดค่า Opacity และกำหนดค่าในช่อง Opacity (0-100%) มีค่าเท่ากับ 30 หรือเป็นค่าอื่นตามความทึบที่ต้องการ

หน้าต่างกำหนดค่า Opacity

8. จะได้ผลลัพธ์ดังภาพด้านล่าง

ผลการทำภาพ Overlay

ตอนที่ 1 จบแล้วครับ ส่วนการทำ Overlay ตอนที่ 2 จะเป็นการกำหนดแสดงเฉพาะจุดที่ต้องการ อ่านต่อ หัวข้อ การทำภาพ Overlays ด้วย ImageJ [ตอนที่ 2]

Ipod touch 5 แบตเตอร์รี่หมด ชาร์ดไม่เข้า

หลากหลายวิธีการแก้ไขปัญหา Ipod ชาร์ดไม่เข้า และหลากหลายวิธีการของแต่ละคนที่สามารถแก้ปัญหาให้เจ้า Ipod สามารถกลับมาชาร์ดไฟเข้า และสามารถใช้งานได้ต่อไป (และต่อไปก็คงพยายามไม่ให้เกิดการแบตหมดจนเกลี้ยง) เพราะหากแบตหมดจนเกลี้ยงแล้ว โอกาสที่จะสามารถกลับมาชาร์ดไฟเข้าแบบเดิม และความโชคดีแบบนั้นคงอาจจะเหลือน้อยลงไป ตามอายุการใช้งานและสภาพการใช้งานที่ไม่ค่อยดูแล

เริ่มจากเมื่อคืนเล่นเน็ตไปเรื่อย ๆ จนหลับ แบบไม่ได้ปิดแอพฯ ปิด wifi เอาไว้ ซึ่งแบตก็เหลือน้อยเลยทำให้มีการใช้งานเครื่องแบบหนัก ๆ ตลอดเวลาจนทำให้แบตที่เหลือหมดไปแบบเปิดเครื่องไม่ได้ (เคยทำมาหลายครั้งแล้ว) แต่เช้าวันนี้เจ้า Ipod กลับไม่ไม่ยอมชาร์ตด เสียบที่ชาร์จแล้วก็นิ่งสนิท ไม่มีอะไรตอบสนอง เจ้ารูปแอพเปิลตอนเปิดเครื่องก็ไม่ถูกเปิดขึ้นมา (ใจเสีย)

เสียบทิ้งไว้ และหาคำตอบจากอินเทอร์เน็ต ก็ได้คำตอบที่หลากหลายกันไป หลังจากชาร์ตเอาไว้ 30 นาที ไม่มีอะไรตอบสนอง เลยลองตามที่มีแนะนำในอินเทอร์เน็ตว่าให้กดปุ่ม Home + ปุ่ม Power พร้อมกัน ก็ลองกดตามแบบไม่คิดว่าจะได้หรือไม่ได้ เพราะอย่างน้อย ๆ ไม่ได้ก็พังอยู่แล้ว แต่ถ้าได้ขึ้นมาก็จะได้ภาพ ได้วีดีโอ อะไรหลายอย่างที่อยู่ในเครื่องกลับคืนมา

กดครั้งแรก ไม่นานเท่าไหร่ เงียบสนิท  ไม่มีอะไร

รอไปอีก 10 กว่านาที

กดครั้งที่ 2 นานขึ้นมาอีกนิดหน่อย .... รูปแอปเปิลขึ้นมาแล้วครับ หัวใจนี้เต้นเร็ว เพราะดีใจมาก แต่รอที่หน้าแอปเปิลนี้นานมากกว่าปกติ แต่สุดท้ายก็เข้ามาสู่หน้าจอ ได้แล้ว


เข้ามายืนยันว่า Ipod (ไอพอด) แบตหมด ชาร์ตไม่เข้า แก้ปัญหาด้วยการ กดปุ่ม Home+Power สามารถแก้ปัญหากรณีวันนี้ได้จริงนะครับ